1949年，太平洋战争已经结束，备受军中无聊生活困扰的弗雷迪·杰奎（杰昆·菲尼克斯 Joaquin Phoenix 饰）终于返回美国，然而返家前的精神治疗没有给他实际的帮助，弗雷迪陷入了一种恍惚乏味的人生体验无法自拔。次年，在经历了一系列工作失败后，弗雷迪在醉后登上的客船上结识了经历复杂的“大师”卡斯特（菲利普·塞默·霍夫曼 Philip Seymour Hoffman 饰）。卡斯特建立在时间理论之上的精神治疗法引起了弗雷迪的兴趣，在卡斯特的“引诱”下，弗雷迪尝试敞开心扉，寻求解决自己的问题，并越来越亲近卡斯特松散的“缘教”组织，为其摇旗呐喊、打击异议者。在“治疗”过程中，弗雷迪与卡斯特的关系分分合合，愈发复杂……

1964年，美国纽约布朗克斯区，圣尼古拉斯天主学校。修女阿洛伊修斯•贝维尔（Meryl Streep 梅丽尔•斯特里普 饰）令行禁止，教条严明，为学生们所畏惧；而新来的布伦丹•弗林的神父（Philip Seymour Hoffman 菲利普•塞默•霍夫曼 饰）则态度和蔼，处事开明，受到学生们的喜爱。
这期间，弗林尤其关心学校内有史以来第一位的黑人学生唐纳德•米勒（Joseph Foster 饰）。某天，詹姆斯修女（Amy Adams 饰）将唐纳德的奇怪表现报告给贝维尔修女。贝维尔认定弗林正与男孩发展不正当的关系，她决心不惜一切代价制止。然而事实究竟怎样？