方世玉（李连杰 饰）、雷婷婷（李嘉欣 饰）、陈家洛（郑少秋 饰）一行抵达红花会总舵。红花会事业蒸蒸日上之余，帮内争权夺势的斗争亦未停息，堂主于镇海（计春华 饰）因不满父亲传位陈家洛，几次三番找人行刺未果，方世玉出面当众斥责，两人结下仇怨。
陈家洛命世玉等人抢夺扶桑武士护送的一锦盒，虽有苗翠花（萧芳芳 饰）出手相助，但任务失败，期间世玉再次相遇对其芳心暗属的两广总督之女安儿（郭蔼明 饰）。为再次抢夺锦盒，方世玉受命接近安儿，却被两广总督算计，危急时刻安儿救得世玉等人性命。世玉辱命，被陈家洛假意废去武功，锦盒之内的秘密被于镇海发现，李国邦（元奎 饰）身死，陈家洛被囚，于镇海坐上总舵主之位。方世玉伤愈归来，准备不惜代价铲除红花会叛徒。

金轮国王妃（叶玉卿 饰）与表哥欧阳锋（梁朝伟 饰）有染，为霸占江山，他们毒死了国王，但没找到传国玉玺。得知玉玺在前往九宫山找寻其师父求助的三公主（林青霞 饰）手里后，欧阳锋企图抢到手但没成功。糊涂国师（张曼玉 饰）在淫威下屈服，查出三公主的具体下落，欧阳锋乘火箭金靴追赶 ，却误脱落一只插死刚出关的王重阳（钟镇涛 饰），奄奄一息的王重阳恳求适逢路过的三公主找到其师弟周伯通（刘嘉玲 饰）代为报仇。逃到九宫山的三公主邀得师弟黄药师（张国荣 饰）与师妹（王祖贤 饰）相助，再加上前来寻找表妹的洪七（张学友 饰）、找到真心人才能成仙的段智兴（梁家辉 饰），一场与欧阳锋的生死恶战蓄势待发……