在宁静祥和的摩尔王国，广袤的大森林中，动物与精灵和谐相处，无忧无虑。那一年，天真无邪的小仙女玛琳菲森（伊莎贝尔·莫洛伊 Isobelle Molloy 饰）邂逅了人类小男孩斯特凡（迈克尔·希金斯 Michael Higgins 饰）。他们两小无猜，成为亲密无间的好朋友， 更在万物的守护下坠入爱河。但是随着年龄的增长，斯特凡（沙尔托·科普雷 Sharlto Copley 饰）褪去了往日的纯真，被人类的贪欲所吸引。而玛琳菲森（安吉丽娜·朱莉 Angelina Jolie 饰）则成长为法术强大的仙女。愚蠢的人类向摩尔王国开战，斯特凡为了成为王位继承者，残忍地割下了玛琳菲森的翅膀。
肉体的痛苦和心灵的创伤，让玛琳菲森变成了满怀仇恨的冷酷魔女，为了复仇她给斯特凡的女儿爱洛公主（艾丽·范宁 Elle Fanning 饰）施下了沉睡魔咒……

故事发生在1926年的纽约，彼时，麻鸡们对魔法师的抵制达到了最高峰，由玛丽露所领导的反魔法组织活动频繁。与此同时，街头巷尾之中时时发生的种种灾难意外让魔法世界的存在离暴露仅有一线之隔，整个魔法部陷入了空前紧张的气氛之中。 就在这个节骨眼上，环游世界进行着研究神奇魔法动物之行动的魔法动物学家纽特·斯卡曼德抵达了纽约，他随身携带的魔法手提箱里，装着几十种他一路营救的魔法动物们，而他的一举一动，均处于隶属于魔法部的前傲罗蒂娜的监视之下。一场意外中，麻鸡雅各布误拿了纽特的手提箱，并且放出了藏在箱子里的魔法动物，为此，纽特、蒂娜、雅各布和蒂娜的妹妹奎妮不得不踏上了寻找魔法动物的旅途。