2022年——乃是忍者活跃期间的年代。
所谓的忍术，对于该年代的人们来说，那已经是个日常，但也是个充满了新的运动竞赛方式。
平常只是作为月薪制的工薪族生活，总是展现出被妹妹称为 “废物的是只擅长忍术吧” 的让人吃惊程度地狼狈不堪的样子的青年：神藏莲太郎，他的另一个身份是与暗之忍者军团·虹蛇相战斗的传说的忍者·假面骑士Shinobi。
这是一个暗中保护他人，斩除堕落者的年轻忍者故事。座右铭为——“忍字意为斩刃之心！”

故事描述一个叫屁祖隐的女人带着5岁的少年来到野原广志和美冴的家里，告诉他们自己是广志和美冴的5岁儿子新之助的亲生母亲。二人留宿的当晚，野原家遭到神秘忍者集团的袭击。新之助被绑架了。屁祖隐家是忍者的故乡，世代守护着地球的能量“宁特鲁”的家族。于是，地球的存亡就交给了新之助的忍法。

忍者は、存在しない。…と、我々は思っている。
仮に忍者が存在したところで、忍者はその姿を我々に晒すことはない。
だからこそ、忍者は『表向きには』存在しないのだ。
主人公、櫻羽一時は、我々と同じく忍者は存在しないと思っている、普通の男子。
彼には普通の、幸せで輝かしい日々が約束されている…はずだった。
ある日、一時は命を狙われ、それが甲賀忍者の仕業であると聞かされる。
なぜ一時は命を狙われたのか？それは…彼が由緒正しき、伊賀忍者第１９代正当後継者だったからなのだ！
伊賀と甲賀は長年対立しており、甲賀は伊賀を侵略しようとしている。
一時が生きるためには…自らも忍者になるしかない！
こうして、誰も知らない忍者の世界に身を投じる一時。
一人前の忍者となるべく学び、戦い、苦難に立ち向かう。
だがそれは、一時が辿る過酷な運命の、ほんの序章でしかなかった…。