旭日初升，清纯少女黑衣麻陶（花泽香菜 配音）终于迎来了期待已久的初中入学式，水手服标志着青春的开始。在学校门口，她邂逅了乘坐豪华轿车上学的同班同学小鸟游优美（泽城美雪 配音），顿时为对方的成熟知性气息所吸引。她主动上前搭话，两人很快成为开心畅谈的好朋友。家境优渥又怎样？履历平平又如何？这些都没有成为障碍，麻陶和优美的友情不断加深。快乐无忧的第一学年转眼过去，升入二年级后，麻陶和优美分入了不同的班级。开朗外向的麻陶似乎很快适应了新的环境，也结交了新的朋友；而一向内向恬静的优美虽然默不作声，心底却依稀升起几分落寞。
那种莫名的情感，让少女的友情失衡……

西暦2062年。労働力の大幅な自動化プロジェクトの失敗後、その中核となる人工知能アルテミスが人類との戦いを選んだ末、荒廃した二十年後の地球。
とある基地の地下研究施設で、ひとりの少女、エンプレスが目覚める。彼女は人類の守護者３人の生き残りのうちのひとりであった。
しかし彼女には以前の記憶がない。そんなエンプレスに平和構築軍の大佐は告げる。
エンプレスには、現在、アルテミスが建設中の月と地球を結ぶ軌道エレベーターを完成前に破壊する使命があることを。
完成すれば月で大量生産中の巨大機械軍が大挙して地球へやってくるからだ。
だが、その行く手を仲間であったはずのデッドマスターやストレングス、アルテミスの手先である無人軍隊やカルト集団＜教育機関＞のスマイリーらが阻もうとする。
さまざまな思惑が交差する中、大佐らと軌道エレベーターを目指して進んでいくエンプレス。その先で待ち受けるものとは……。