故事发生在名为恩典农场的孤儿院内，在这里生活着很多失去了亲人，无家可归的孩子们，他们共有36人，每天，在劳作和玩耍之余，孩子们还要进行学习和测验，其中，佼佼者是名为艾玛（诸星堇 配音）的女孩和名为诺曼（内田真礼 配音）的男孩。负责管理和看护这些孩子们的女性名叫伊莎贝拉（甲斐田裕子 配音），孩子们喜欢喊她“妈妈”。每过一段时间，都会有一个孩子被收养离开农场，生活在这里的孩子们都将此作为自己的人生目标。
一次偶然中，艾玛发现了隐藏在这座孤儿院背后的秘密，那些离开的孩子根本就没有被领养，而是被屠宰了，生活在恩典农场的孩子们，其实就是这座农场所饲养的“牲畜”。

天野雪辉（富樫美铃 配音）是一个平日里喜欢在手机中记录日常琐事的孤僻少年，一日偶然间，他发现自己居然拥有了能够预知未来的“未来日记”，而此时，兴奋又好奇的他并不知道，自己已经被卷入了一场永无止尽的杀戮游戏中去。作为控制整个游戏的时空之神，宙斯（若本规夫 配音）选中了12名年龄和职业各异的男女，赋予他们拥有不同能力的“未来日记”，而他们所要做的，就是尽其所能利用自己的日记逃避同伴的追杀并且尽可能的杀死同伴。失败的人将和日记一同消失，而最后的胜利者，可以成为下一届游戏的神。
就是这样毫无理由的残酷游戏，作为同学一直爱慕着雪辉的我妻由乃（村田知沙 配音）也被卷入其中，他们将面对的，是怎样强大的对手呢？善良单纯的他们能够逃脱神的掌控吗？