郊外神社的神殿里，九位年轻武士在秘密开会，城代家老的外甥井坂（加山雄三饰）准备向大目付菊井求助整治内部问题。但外貌邋遢的武士椿三十郎（三船敏郎饰）出现，告诉他们菊井才是背后的黑手。果然，神殿很快被大目付手下团团围住，三十郎出手替年轻人解危，而室户半兵卫（仲代达矢饰）却欣赏三十郎的身手，欢迎他加入。之后，三十郎与九人组去找城代家老，却发现晚了一步已被绑架。他们到了武士寺田家中再谋营救，隔壁就是敌人所在的黑藤府。菊井一边监禁了城代家老，另一边又想着引出年轻武士们出洞，幸得三十郎所救。在精妙计谋下，解救成功。但室户半兵卫却不放过三十郎，较量的胜负就在一瞬间。

英国政府派007邦德（肖恩·康纳利 Sean Connery 饰）前往加勒比海调查一桩情报人员被杀案件，007几经调查，推测死者应该与蟹礁岛上的诺博士有关。诺博士在这个神秘的小岛上正进行着不为人知的阴谋计划，紧锣密鼓进行一项将要统治世界的科学实验。双方开始了斗智斗勇的战 争，诺博士派来了女间谍，企图监测007的一举一动乘机将其制服，不料反被007识破诡计。而渔民库洛及潜水员莱特（乌苏拉·安德丝 Ursula Andress 饰）成为了007的得力助手，然而，诺博士对007此行早有准备，007与美女助手陷入重重困境。眼看007就要葬身荒岛，事情却来了惊天逆转。

哥斯拉突然從北極的冰中出現！哥斯拉擊沉核潛艇海洋號，更破壞北極的軍事基地後開始南下。同樣的時候，在太平洋製藥宣傳部，那公司為提高節目的收看率打算使用發俄島上的魔神，櫻井和古江的兩名宣傳人員便去了發俄島。他們發現島上出現的魔神就是金剛。於是把他弄暈帶到日本，不久在運送金剛的船遭日本政府攔截，但那時金剛突然從麻醉中甦醒，在運輸船上跑出來，游向日本，而且更在那須高原初次與哥斯拉對決。第1回合以哥斯拉的放射火焰取得勝利，金剛被打敗嗎？
同時自衛隊正進行「火焰攻擊大作戰」，把汽油倒入河中然後燃點著火，哥斯拉竟然沒有直接渡過河流。不過哥斯拉在高壓電流前竟不能突破，還被嚇走了。
另一方面，逃走了的金剛面對阻擋哥斯拉的電塔竟輕易被他突破，而且在發瘋地吃著美味的電流，金剛終於到達市中心，更捉了櫻井的妹妹作為人質登上國會會議廳，自衛隊便利用法羅島體細胞莓汁展開「美味果汁迷迷糊糊大作戰」莓汁從天而降，在空中爆炸灑落在金剛身上，令金剛暈倒了。
自衛隊防止金剛破壞城市，又展開「氣球輸送大作戰」，大氣球綁在金剛身上，帶著牠往富士地區，被運送到富士高原的金剛，與哥斯拉再次決鬥，哥斯拉再把金剛打倒，更放出放射火焰令森林著火。幸好有股雷暴經過，閃電擊中金剛，電流被吸進金剛身體中，令他醒來，變成超級撒亞人般。
金剛再戰哥斯拉，金剛使出雷擊拳，雙手找著哥斯拉的尾巴，然後三百六十度一轉把哥斯拉拋到另一處再戰，把熱海城徹底破壞，最後2頭怪獸更滾下山跌入海中。不久在海上只看到金剛的身影，哥斯拉被打敗了。
其實東寶為了不想得罪美國，在故事中，哥斯拉是被打敗，但為鞏固哥斯拉在日本
怪獸王的地位，卻在官網寫成平手！哥斯拉和金剛共戰3場，富士山1敗，電塔1勝，熱海城1勝。