为了解开神秘的石柱突然屹立于地面并攻击人的秘密，原子动力太空般帝斯卡巴里号出发飞往距离八亿公里远的木星。此宇宙飞船的成员包括波曼船长、布鲁飞行员及三个在圆筒内冬眠的队员等五人。途中电脑HAL发生错乱，破坏了冬眠装置，布鲁被诱出船外，于黑暗的太空中被杀，波曼船长则被困在母船中，与之展开生死格斗，结果人类终于获胜。不久宇宙飞船在进入木星的轨道后，因船长发现某地有与月球上的石柱一模一样的东西，就驶向它，却发生意外。当他醒来时，看见自已正和宇宙飞船在路易十六的寝室中。超越时间与空间，所有的一切东西都消失于白光之中后，飘浮在太空上的绿色地球，由一胎儿看守着，此胎儿正是波曼转世而成的，正继续等待着自己出生的日子。这部内容以不远的未来为背景，在广阔的宇宙空间中，人类将面对不可思议之事。

昭和29年の「ゴジラ」でスタートした東宝の怪獣映画シリーズは、「モスラ」や「妖星ゴラス」などの傑作を生み出し、また「大怪獣ガメラ」や「大巨獣ガッパ」など他社の怪獣ものにも影響を与え、海外にも多くのゴジラ・フリークを生み出した。しかしそのマンネリ化は防ぎようもなく、昭和40年代に入ったあたりから初期の頃のヒューマンな味わいが薄れ、怪獣同士の戦いがメインの子供向け作品に移行していく。この作品はそれまでの東宝怪獣キャラクターが勢ぞろいして怪獣島に管理され、平和な生活を送っているという状況で物語が始まる。そこに宇宙から凶悪怪獣キングギドラが飛来し、地球怪獣との死闘が……。