水と触れ合うことが好きな七瀬遙は、仲間の橘真琴と共に入学した岩鳶中学校で水泳部に入部。遙は、真琴と椎名旭、桐嶋郁弥でメドレーリレーのチームを組むことに。彼らは個性も考え方もバラバラで、全くうまくいかない。それでも遙はチームになるために必要なことを考え、互いを少しずつ知り、練習を積み重ねていく。

动画《FREE! 男子游泳部》系列透过少年们对游泳的热爱，进而传递队友们之间如何相互磨合、激励，并共同追求梦想，是一部充满热血气息与正能量的青春物语。剧情将透过四个特别篇故事，描述即将从高中毕业的七濑遥、松冈凛等人，还有一群伙伴们如何迈向未来。