某大医院发生了一起婴儿诱拐事件。犯人要求赎金的对象，不是孩子的父母 而是该医院的院长。拿到大笔赎金的犯人 在逃跑过程中发生事故死亡。而警方却未能找到婴儿。20年后，当年诱拐事件犯人的女儿朝仓比吕子在著名报社东西新闻成功就职。而此事被周刊杂志记者报道了出来。东西新闻的人事部部长武藤诚一为了保护比吕子让她成功入职，开始采取了行动。
　　另一边，曾经的精英记者而今却遭受冷遇的梶秀和被社长委派再次调查婴儿诱拐事件。他走访当时事件的相关人物，随着调查的深入，一个意想不到的疑点渐渐浮出水面。在命运的捉弄下，被封印的真相正在慢慢的被挖掘出来

在风之街“风都”，左翔太郎、拍档菲利普以及所长鸣海亚树子三人经营着侦探事务所。看似一片和平的风都背后，神秘组织在地下流通着能让普通人变成Dopant的“恶之盖亚存储条”。而造成众多离奇事件的神秘组织核心“园咲家”的每个人，都在风都有着很大的影响力。挑战Dopant们引发离奇事件的翔太郎和菲利普两人，使用六根“盖亚存储条”合体变身成假面骑士W，决然地对抗着园咲家族。
园咲家族的目的到底是什么？假面骑士W、菲利普神秘的过去又是什么？隐含着众多谜题，假面骑士W的战斗拉开帷幕……