杰克（爱德华•诺顿 饰）是一个大汽车公司的职员，患有严重的失眠症，对周围的一切充满危机和憎恨。
一个偶然的机会，杰克遇上了卖肥皂的商人泰勒（布拉德•皮特），一个浑身充满叛逆、残酷和暴烈的痞子英雄，并因为自己公寓失火而住进了泰勒破旧不堪的家中。两人因缘际会地成为了好朋友，并创立了“搏击俱乐部”：一个让人们不戴护具而徒手搏击，宗旨在于发泄情绪的地下组织。
俱乐部吸引了越来越多的人，逐渐发展成为一个全国性的地下组织，而泰勒也以自己个人的魅力，吸引着那些盲目的信徒。俱乐部的成员们到处滋事打架、大肆破坏，泰勒本人的行为也越来越疯狂。
杰克对于“搏击俱乐部”的现况及泰勒的行为越来越无法忍受，和泰勒发生争执，泰勒离开了他。然而，杰克发现，他走到何处都无法摆脱泰勒的影子，他开始思考：我到底是谁？

第二集中，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下， 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。
此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双方谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。
在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。