号称“红魔”的雷蒙德（詹姆斯·斯派德 James Spader 饰）一直以来都是联邦调查局通缉名单上的“常驻人员”，某一日，这位控制了犯罪市场中大部分信息与资源的传奇人物突然现身自首，并且声称能够提供关于恐怖分子兰科（Jamie Jackson 饰）的最新线索，条件只有一个，那就是让初出茅庐的菜鸟探员莉兹（梅根·布恩 Megan Boone 饰）做他的搭档和联络员。
雷蒙德的种种举动让联邦探员们手足无措，他们既急需雷蒙德所掌握的线索，又无法相信这个有着重重黑暗历史的男人。雷蒙德的真实意图何在？他又为何偏偏选中了看似单纯的莉兹作为搭档？和传奇人物合作的这一段经历，对于年轻的莉兹来说又代表了什么呢？

美国军方在地球的某处发现了一个奇怪的圆环，圆环的制造技术完全不同于地球，而且通过测定圆环的历史非常久远甚至可以追溯到人类出现之前，圆环上还刻有很多奇怪的符号。这个圆环到底有什么作用？考古学家丹尼尔·杰克逊（詹姆斯·斯派德 James Spader 饰）博士对古埃及的象形文字及其历史有很深的研究，而且对金字塔的建造也有一套自己的理论，可是他的观点却无法被人所接受。为了能寻找有力的证据，他开始对军方发现的这个圆环进行研究，却发现这个圆环却是一个高科技产物，通过特定编码的推动能与另外一个圆环联通，形成一个虫洞，可以进行超长距离且耗时极短的空间旅行。为了探知圆环联通的另一端到底有什么，丹尼尔与杰克·欧尼尔（库尔特·拉塞尔 Kurt Russell 饰）上校为首的军方小队一起穿越这星际之门，进入另外一个世界探险。在另一边，他们发现了很多令人无法相信的事情，金字塔的建造之谜、外星人是否到访过地球这些不解之谜都有了一个新的解读……

上一季揭晓了惊人的真相，但很多秘密仍有待破解 — 包括田西农场出土的人类遗骸之谜。