明朝成化年间，朝纲腐败，奸邪当道。西厂东厂为宦官把持，混淆黑白，陷害忠良，朝野内外噤若寒蝉。时有赵怀安（李连杰 饰）等流亡剑客挺身而出，接连铲除东厂数名奸佞，致令阉贼胆战心惊。适值此时，风头正劲的西厂督主雨化田（陈坤 饰）出面干预。另一方面，宫女素慧容（范晓萱 饰）怀有身孕，绝命奔逃。被雨化田的爪牙追捕途中幸得神秘侠客凌雁秋（周迅 饰）相救。二人一路辗转逃往关外，来到曾经引起过腥风血雨的龙门客栈落脚。龙门客栈一如往昔，为凶险异常之所在。雨化田手下追赶至此，与先前而至的鞑靼商队剑拔弩张，关键时刻更有与雨化田长相极其相似的卜仓舟（陈坤 饰）与女侠客顾少棠（李宇春 饰）投宿客栈。不久，赵怀安一众也偷偷潜至龙门。
各方势力云集于此，新的正邪之战即将展开，更有天大的秘密即将揭开……

六扇门主事曹雄（张铁林饰）召开武林大会欲统领江湖。各大门派赶赴大会，点苍派师徒一阳子（刘松仁饰）和徒弟马君武（梁朝伟饰）亦于其中。师徒两人遇上天龙帮突袭，幸得白云飞（梅艳芳饰）相救。其后白更答应往桃花潭捕捉千年灵龟，以解众掌门之毒。几经辛苦，3人终捕得灵龟，岂料又被蓝小蝶（关之琳饰）利用琴音夺走，扬言要白亲自去取回。此时，由于曹雄误传归元秘籍为白云飞所有，于是追杀白云飞的武林行动也展开了。而曹雄学得绝世武功，无人能敌......

唐朝麟德年间，唐高宗（盛鉴 饰）与武则天（刘嘉玲 饰）强硬派出大军远征，谁知舰队在大海中遇袭，遭到重挫。该事件震惊洛阳，都城百姓狂热祭拜龙王，缭乱众生的“花魁”银睿姬（杨颖 饰）更惹来各方势力觊觎。狄仁杰（赵又廷 饰）奉武后之命调查龙王一案，偏巧卷入绑架银睿姬的案件之中。在与劫匪搏杀过程中，狄仁杰遭遇亦敌亦友的大理寺卿尉迟真金（冯绍峰 饰），遂被对方投入大牢。银睿姬一案内龙王身影再现，使洛阳上空更添一道疑云。狱中狄仁杰凭借缜密推理博取回纥医工沙陀忠（林更新 饰）的信任，逃出大牢同查龙王真相。
两起案件错综复杂，相互纠缠，引向全然未知的方向……

大内库藏武功秘笈《葵花宝典》失窃。东厂主管太监古今福（刘洵 饰）率千户欧阳全（张学友 饰）等，南下调查辞官锦衣卫林镇南，同时收用“五岳盟主”左冷禅（元华 饰）外围策应。华山派大弟子令狐冲（许冠杰 饰）与师妹岳灵珊（叶童 饰）奉师命增援林镇南，无奈两人实力不济，领得林镇南遗嘱后遁走，二人于路先后巧遇顺风堂堂主刘正风（午马 饰）、日月神教长老曲洋（林正英 饰）、华山派风清扬，获传《笑傲江湖》曲谱和独孤九剑。
各路人马为《葵花宝典》纷纷聚于苗人地界，欧阳全与左冷禅争功不下，遂假扮林平之混入华山派一行。令狐冲结识日月神教任盈盈（张敏 饰）与蓝凤凰（袁洁莹 饰），因曲洋之关系得其协助。古今福与岳不群为《葵花宝典》大打出手，令狐冲不忍一班师兄弟受牵连愤而使出独孤九剑，始明了“笑傲江湖”真意。
本片根据金庸同名小说改编。