明朝成化年间，朝纲腐败，奸邪当道。西厂东厂为宦官把持，混淆黑白，陷害忠良，朝野内外噤若寒蝉。时有赵怀安（李连杰 饰）等流亡剑客挺身而出，接连铲除东厂数名奸佞，致令阉贼胆战心惊。适值此时，风头正劲的西厂督主雨化田（陈坤 饰）出面干预。另一方面，宫女素慧容（范晓萱 饰）怀有身孕，绝命奔逃。被雨化田的爪牙追捕途中幸得神秘侠客凌雁秋（周迅 饰）相救。二人一路辗转逃往关外，来到曾经引起过腥风血雨的龙门客栈落脚。龙门客栈一如往昔，为凶险异常之所在。雨化田手下追赶至此，与先前而至的鞑靼商队剑拔弩张，关键时刻更有与雨化田长相极其相似的卜仓舟（陈坤 饰）与女侠客顾少棠（李宇春 饰）投宿客栈。不久，赵怀安一众也偷偷潜至龙门。
各方势力云集于此，新的正邪之战即将展开，更有天大的秘密即将揭开……

巩伟（李连杰 饰）因警察工作的关系，平时不能给予重病的妻子李夏（佘南南 饰）更多照顾，也不能为懂事又武艺高强的儿子巩固（谢苗 饰）提供更多关怀。在妻儿需要他的时候，巩伟接到上级命令，假扮罪犯和香港黑道分子小黑（柯受良 饰）一同逃跑，踏上了卧底香港甫光（于荣光 饰）团伙的旅途。甫光团伙在炸弹交易中黑吃黑，巩伟在混战中救了香港督查方逸华（梅艳芳 饰），并凭借出色身手得到了甫光的信任。方逸华来到北京调查巩伟身份，获知真相，并在巩妻去世后带领巩固至香港寻父。方逸华的上司（刘松仁 饰）无意间暴露了巩伟父子的身份，使他二人身处险境。此刻甫光策划的拍卖抢劫行动亦迫在眉睫……