《权力的毛细管作用》聚焦于明清嬗代之际的思想史和学术史。全书分两部分，第一部分藉考察讲经会、省过会、日谱、人谱等面相，探讨明季清初道德意识的呈现方式及转化，和道德理想如何影响日常生活的实践，尝试联系“思想史”与“生活史”两个领域。第二部分则以康雍乾时期的文字狱、禁书及其在道咸以降的复出为切入点，展示在清代的政治压力下，权力如何像水分子般在毛细管作用的驱动下渗入日常生活的每一个角落，造成文化领域中无所不在的自我压抑和自我删节，在最微细、最日常、最私密的空间中也发挥了意想不到的力量。

分为“传统思想与学术内部的危机”、“从传统到现代的转化”、“‘建立一个学术社会’：近代中国知识分子的志业与命运”三部分内容。

《權力的毛細管作用：清代的思想、學術與心態》收錄中央研究院院士王汎森研究清代學術、思想、心態方面的12篇專文和一篇附錄。本書標題「權力的毛細管作用」，說明了清代社會中政治、道德等權力無遠弗屆的影響。
「權力的毛細管作用」觀念來自傅柯（Michel Foucault, 1926-1984）。傅柯對權力的了解很有創見，他不像過去的人只注意權力在大的、公開的場面的展示，同時也注意到權力在微小的、隱密的、日常生活空間中的作用。從《權力的毛細管作用：清代的思想、學術與心態》一書中可以看到「政治」、「道德」、「權力」等各種力量，就像水分子的毛細管作用一般，滲入日常生活中每一個可能的角落，並發揮意想不到的影響。
思想史」與「生活史」的聯繫也是《權力的毛細管作用：清代的思想、學術與心態》一書的主軸之一，譬如〈明末清初的人譜與省過會〉、〈日譜與明末清初思想家〉這兩篇專文，就是以「人譜」、「省過會」等修身冊籍及團體為例，展示道德意識呈現的方式與轉化，以及道德理想如何影響日常生活的實踐。