清朝顺治十八年，天花在皇宫蔓延，顺治帝的董爱妃因此一命呜呼，顺治因痛不欲生而决意出家。此时，清帝国充满了内隐外忧。危急之际，孝庄太后（斯琴高娃 饰）当机立断，将得了天花初愈的年仅八岁的皇子玄烨力推为皇室继承人，康熙皇帝登基了。康熙（陈道明 饰）即位以后，手握兵权的鳌拜以权相逼，孝庄太后为了大局也只好暂时放权让鳌拜亲政。鳌拜的野心并不止亲政，他最终目标是图谋改朝换代，少年康熙机智过人，先以终日和一班少年嬉戏放松鳌拜警惕，随后邀约鳌拜进宫而乘机将其软禁，终于为大清除了一大隐患，保住了江山。随后，康熙更是励精图治，向隐忧以久的三藩开刀，开始一段除乱安内的康熙之治！

清同治三年的1864年，假太监安得海自恃得西太后慈禧（刘晓庆）的宠爱，在朝中为所欲为，连同治皇帝（陈道明）也不放在眼中。当得知同治皇帝与宫女桂莲（巩俐）相好时，有心染指桂莲的他求得慈禧恩准，以将桂莲赐配给他“二哥”为名，想逼其与他成婚，不料桂莲性烈宁死不从，安得海恼羞成怒，将她卖进了天桥妓院。
同治皇帝敢怒不敢言，私访天桥妓院，并借安德海南下之机，传旨山东巡抚丁宝桢将其就地正法，与慈禧嫌隙渐深。得知同治染上梅毒后，慈禧不准皇后生育，同治含恨而死，不久，皇后自尽，东太后慈安（陈烨）也神秘驾崩。