宇宙世纪0093年，成为新吉恩总帅的夏亚·阿兹纳布尔对依然被地球重力所束缚的人类灵魂感到绝望，决心以激烈的手段加以肃正。查知此事的地球联邦军王牌驾驶员阿姆罗·雷及其所属的朗德·贝尔舰队一起与夏亚所领导的新吉恩军展开最后的决战……

宇宙世紀0079、地球連邦とジオン公国が戦った一年戦争の末期、サイド４のスペースコロニー群、ムーアはジオン軍の攻撃により破壊され、多くの住人が命を落とした。破壊されたコロニーや、撃沈された戦艦の残骸が無数に漂う暗礁宙域では、ぶつかり合い帯電したデブリによって絶えず稲妻が閃くようになり、いつしかそこは、『サンダーボルト宙域』と呼ばれるようになった。ムーア市民の生き残りで構成された地球連邦軍所属部隊、ムーア同胞団は、故郷であったサンダーボルト宙域の奪還を悲願とし、宙域のジオン軍を殲滅せんとしていた。連邦の進軍を足止めせんとするジオン軍も、義肢兵の戦闘データ採取を目的に設立されたリビング・デッド師団を展開。ムーア同胞団に所属しながら、故郷や自身の出自に束縛される事を疎ましく思うイオ・フレミングと、過去の戦闘により両足を失い、今はリビング・デッド師団でエーススナイパーとして活躍するダリル・ローレンツは、戦場で対峙した時、互いに悟るのだった。ふたりは、殺し合う宿命なのだと……。

故事的舞台是在战争中被破坏的基地殖民地、飘荡着大量战舰的残骸的“Thunderbolt宙域”，宙域是对ZEON公国要塞“A Bao A Qu”的补给道路，为了夺回宙域，地球连邦军和ZEON公国展开了激烈的战斗。地球连邦军的伊奥·弗莱明少尉等人乘坐GM204F，潜入Thunderbolt宙域，向狙击手发起了挑战。

サンライズのWEBサイト「矢立文庫」連載の小説を原作に、スマートフォンアプリ「ガンダムファンクラブ」で独占先行配信された全6話のショートアニメ「機動戦士ガンダム Twilight AXIS」に新作シーンを加えた特別版。「シャアの反乱」から3年後の宇宙世紀0096年、サイコフレームの存在を脅威に感じた地球連邦政府は、情報部のメーメット・メルカ中尉に特殊部隊「マティスマ」を編成させ、地球圏を漂う小惑星アクシズの分断された片側に潜入・調査するよう命じる。元ジオンの技術者だったアルレット・アルマージュ、ダントン・ハイレッグという2人の民間人を加えたマティスマの面々はアクシズに潜入するが、そこで謎の新型ガンダムの強襲を受ける。「機動戦士ガンダム　サンダーボルト BANDIT FLOWER」と同時上映。

剧情紧接外传 Battlefield of Pacifist（和平主义者的战场），地球与殖民地的战斗于殖民后196年结束。除五飞外，希罗等四位高达驾驶员决心把高达送往太阳丢弃，然而统一的地球圈再次被人类的欲望所吞噬，战乱再一次燃起。巴顿财团利用前OZ统帅托雷斯之女作傀儡领袖成立军队，以新建之殖民地X18999为基地，同时胁持担任地球外交官的莉莉娜作人质，企图实行第二次流星作战。希罗等人进入殖民地化解危机并把高达取回作战。
OVA版(全3话)
第一话 - 平静的轨道
第二话 - 逝去的流星
第三话 - 永远之回归