在上一季中，以果敢干练的作风和高超惊人的医术，人称 “Doctor X”外科医生大门未知子（米仓凉子 饰）在早已形同腐臭泥潭一般的帝都医科大学第三医院力挽狂澜，掀起前所未有的风暴。因在北海道马场冒险为一匹骨折的马做手术，未知子得到内科专家马渊一代（三田佳子 饰）的赏识，进而受邀踏入全日本顶尖医者云集的殿堂——帝都医科大学附属医院！此前不久，外科总负责人蛭间重盛（西田敏行 饰）曾亲手为医院的大金主——某地产大鳄二宫钦也（寺田农 饰）完成高危手术，谁知此番二宫癌症复发再度入院。第二外科主任海老名（远藤宪一 饰）携团队积极备战，配合蛭间迎接新一轮的手术。而马渊所率领的内科则就治疗方式上与外科产生严重分歧和对立。
未知子的到来，无疑使双方的矛盾趋于白热化……

受医疗制度改革的影响，曾经显赫一时的大学医院——帝都医科大学第三医院因医疗状况恶化和工作压力过大导致卓越出众的医师纷纷离职，人才流失造成医院的发展岌岌可危。在此背景之下，不属于大学医院和医局体制的自由医生应运而生。美丽性感的外科医生大门未知子（米仓凉子 饰）便是自由医生的一员，她被人称作“Doctor X”，讨厌拉帮结派和医疗腐败，有如一朵盛开在泥沼中的带刺野玫瑰。未知子的到来给了这间迂腐凝滞的一前所未有的冲击，而她过硬的外科技术和理论知识又令同侪钦佩与嫉妒。
战战兢兢的新人森本光（田中圭 饰）负责带领这名曾涉足海外的传奇人物。未知子将迎战各种疑难杂症以及无形的阻碍……