“流星塾”出身的“园田真理”，收到了来自父亲“花形”寄来的不明物品：“Faiz Gear和其专属机车”。为了问明父亲的用意，真理前往位于东京的巨大企业“SmartBrain”拜访父亲。途中遇上到处旅行的“干巧”，因真理放Faiz Gear的旅行袋和干巧被偷走的旅行袋一样而产生误会。正在争执的时候，两人被突然出现的不明怪物袭击．．．。
“把Faiz腰带交出来！”
另一边，“木场勇治”是一位家境富裕，父母慈祥和蔼，有交往将满一年女友的幸福青年。一场车祸夺走勇治双亲的性命也令勇治陷入昏睡。两年后，在勇治心跳停止，医生宣告死亡的当晚，“木场勇治”再次醒了过来．．．。

一个全身闪红光的哥斯拉在香港登陆，并把港岛和九龙的繁荣商业区破坏後离去。及後东京海底队道亦因为隧道机械主轴溶化不停发生事故，原来哥斯拉身上的冷却系统已破坏，令牠体内核子分裂快速活性化，并变成一座懂得步行的核子厂。同时东京水族馆发生谜一样的事件—水族馆内的鱼被离奇杀害，经研究後发现是一些生活在二亿多年前的地层生物—狄斯亚所造成。在临海副都心，自卫队派出冷冻战车迎战不明生物—狄斯亚及哥斯拉。此时哥斯拉的体温最终到达一千二百度，并可能引发全人类灭亡的核爆……

漁業飛行員月岡和小林在無人島上的石洞目擊哥斯拉和一隻背面長出長刺的怪獸正在打鬥。返回大阪後，二人立刻報告, 對策本部立即被成立，並查那一隻長刺的怪獸叫「安基拉斯」，又是和哥斯拉一樣受氫彈試驗而蘇醒， 山根博士在沒有兵器對抗哥斯拉的情況下， 建議用燈光誘導怪獸回海的方法。
在燈火管制下，大阪灣出現哥斯拉，防衛隊在灣外發射照明彈作誘導。可是，有幾位囚犯趁疏散時逃獄，他們搶了運油車。為逃避警方追捕，他們在大阪市中飛車，由於車速過快，運油車失控撞進工廠，引發大爆炸，壤成火災，以致哥斯拉向著大阪上陸。破壞大阪上的建築物，後來更在大阪城跟安基拉斯死斗，哥斯拉最後咬死暴龍安基拉斯，再以放射火焰把安基拉斯火化，哥斯拉回到海中消失身影。
轉了公司一起到北海道的月岡，在那裡與從前的戰友再次相見。在大阪消失身影的哥斯拉突然在北海道海上被發現。哥斯拉更在神子島上陸了，轟炸機趕至並發動全面轟炸，但對哥斯拉完全沒有效。小林的飛機被放射熱線打中，接著墮機犧牲。在那個事故後引起雪崩的先兆，於是他們就對哥斯拉展開「雪崩埋沒大作戰」。月岡放出飛彈令雪崩發生，最後哥斯拉終於被雪和冰淹沒了。
由於沒有比核彈更利害的氧破壞劑，令山根博士對打敗怪獸感到悲傷，再次看出在他眼中只有核彈或氧破壞劑的思想，而忽略借用大自然的力量去對抗，「雪崩埋沒大作戰」便證明自然力量大於一切，即使一隻無敵怪獸王也輕意被推倒。

东京湾水隧轰然巨响、大水灌入，突发原因不明的崩塌事件。首相官邸召集阁僚开紧急会议，大多认为“原因是地震、海底火山”，看过网络目击影片的内阁官房副长官矢口兰堂（长谷川博己）指出海中可能栖息巨大生物，内阁总理大臣辅佐官赤坂秀树（竹野内丰）及周围的人对矢口意见皆付之一笑。其后，在海上巨大不明生物现身，惊慌失措的政府相关人员收集情报追踪之际，巨大生物登陆镰仓沿路破坏建物前进，日本政府因应设置紧急对策本部下达防卫出动命令，美国国务院则派遣总统特使加代子·安·派特森（石原聪美）关切，面临未曾有的威胁，不仅日本、世界也注视其动向。自卫队与称作“哥斯拉”的巨大生物在川崎市展开大决战，究竟人类是否抵御得了这远远超出所知的“完全生物”。

　　二战结束后不久，日本南海惊现离奇事件，打捞船荣子丸在平静的海面上突然遇难，幸存者寥寥，前去搜救的宾果丸也一去不返。不久，南海附近的岛屿大户岛遭受到恐怖的袭击，岛上的老人声称这便是传说中的怪兽哥斯拉作怪。古生物专家山根京平教授受命前往调查，根据现场遗留的痕迹断定，这个怪物是200万年前侏罗纪时代存活下来的恐龙，并且在原子弹辐射的影响下，化身为更具破坏力的恐怖怪兽。该论断一经公布，便在日本国内引起轩然大波。政客和军队纷纷行动，意欲置哥斯拉于死地。而哥斯拉也闯入东京，进行一场毁灭性的破坏。人类的命运悬于一线……

自从大学毕业后，“我”（林原惠美 配音）独自一人在东京打拼。一向行为怪异的弟弟，某天做出了一个奇怪的预言，他说东京在第二天即将毁灭。这样的话有谁会相信呢？可是，诡异的事情就是如此悄然发生。喧嚣的东京街头，不知来自何处的火星纷纷聚集，盘桓在楼宇之间，城市的上空。俄而巨神兵巨大的身形出现在人们的头顶。他手执火一般的长矛，嘴里伸出炮筒，瞬间摧毁了眼前的街道。弟弟的预言成真了？对于这座城市乃至世界而言，这是人类的末日？还是新时代的开始？
本片为庵野秀明和樋口真嗣采用昭和、平成时代的特摄技法拍摄的特摄短片，巨神兵形象来自宫崎骏的《风之谷》。短片最初在“馆长 庵野秀明特摄博物馆”的展览上播放，之后作为贴片随《EVA 新剧场版：Q》一同上映。