并称为“天下霸道三剑”的天生牙、丛云牙和铁碎牙分管天、地、人三界，当年全部为犬夜叉的父亲斗牙王所拥有。斗牙王与人类公主十六夜相恋，生下犬夜叉，此举惹来暗恋十六夜的武将刹那猛丸的嫉妒。身负重伤的斗牙王用天生牙救活被猛丸杀死的爱人，随即与猛丸展开决战。恶战之后，斗牙王生命将终，他命冥加将天生牙和铁碎牙分别赐予杀生丸和犬夜叉，而拥有邪恶强大力量的丛云牙则被永久封印。
数百年后，丛云牙通过食骨井来到现代，并摆脱了封印的束缚。它先控制犬夜叉的身心，回到战国时代与杀生丸展开一番恶战。危难之际，戈薇的力量使丛云牙被迫离开犬夜叉的身体。但它很快又找到新的替身，并且将已化作白骨的刹那猛丸重新召唤回人间，向斗牙王的两个儿子展开报复……

日暮戈薇是就读于国中三年级的15岁普通小女生，某日，她偶然通过家中神社的枯井来到了500年前的战国时代。时狼烟四起，妖怪横行，世间大地生灵涂炭。戈薇在御神木那里邂逅了被封印的半妖犬夜叉。50年前，意欲变成真正妖怪的犬夜叉，为了得到四魂之玉结识拥有强大灵力的巫女桔梗。经过一段时间相处，两人之间产生了感情。犬夜叉因此希望变成人类，而桔梗也打算在净化完四魂之玉后过回普通人的生活。然而，对桔梗心存邪念的盗贼鬼蜘蛛将灵魂和肉体献给妖怪，继而转生变成邪恶的半妖奈落。在他的一番挑拨下，犬夜叉被桔梗封印在神木之上，重伤的桔梗也在悲伤绝望中死去。
桔梗转生的戈薇解救了犬夜叉，却不慎将四魂之玉射成碎片。为了找回碎片，她和犬夜叉以及随后遇到的伙伴：七宝、弥勒、珊瑚踏上了充满艰难险阻的旅途……