蝙蝠侠（迈克尔•基顿 Michael Keaton 饰）归来了！自从打败“小丑”后，高谭市获得片刻的宁静。然而，又一个强大的对手出现了！这次是脾气乖张暴戾的“企鹅”。
“企鹅”因为是次子，所以自幼就被父母遗弃，落下残疾，导致“企鹅”对整个社会都心生不忿。长大后“企鹅”的企鹅决心杀回高谭市，将市内的长子都杀光，并控制整个高谭市。在迫使邪恶商人马克斯（克里斯托弗•沃肯 Christopher Walken 饰）帮忙后，“企鹅”顺利当上了高谭市长。同时，马克斯的秘书西莉娅（米歇尔•菲佛 Michelle Pfeiffer 饰）意外获知了他们的秘密，在遭受他们迫害时意外获得了超强能力，成为了亦正亦邪的猫女。
蝙蝠侠这次将面临“企鹅”和猫女的双重挑战！

高谭市的黑暗势力又开始蠢蠢欲动了，这次是毁了半边脸的“双面人”（汤米•李•琼斯 Tommy Lee Jones 饰）。一次，“双面人”袭击了马戏团，演员迪克（克里斯•奥唐纳 Chris O'Donnell 饰）阻止了“双面人”的阴谋，家人却因此惨遭杀害。
布鲁斯（瓦尔•基尔默 Val Kilmer 饰）收留了迪克，并说服了满腔仇恨的迪克留了下来。因研究计划被拒绝而仇视韦布斯的公司职员爱德华（金•凯瑞 Jim Carrey 饰）成功研究出脑波吸收装置，化身成为“谜语侠”。
“双面人”和“谜语侠”联手破坏高谭市，并通过脑电波吸收装置大量吸收市民的脑电波。蝙蝠侠这次的对手强大得可怕，蝙蝠侠最终能否战胜罪恶？

在罪恶横行的高汉市，有一个令罪犯们心惊胆颤的名字：蝙蝠侠。蝙蝠侠（迈克尔•基顿 Michael Keaton 饰）穿梭于最黑暗的角落，四处打击罪恶。在一次打击罪恶的行动中，蝙蝠侠令匪徒尼巴（杰克•尼科尔森 Jack Nicholson 饰）落入了化学池。尼巴因此面部神经受损，成了永远咧嘴笑的笑面人，人称“小丑”。
“小丑”杀死了团伙的首领，控制了整个高汉市的黑道。“小丑”利用化学药品让人发笑而死，他用这种方法袭击了博物馆，幸得蝙蝠侠及时赶到，挫败了“小丑”的阴谋。在女友碧姬（金•贝辛格 Kim Basinger 饰）家里时，“小丑”突然袭击，蝙蝠侠巧妙躲过了袭击，意外发现“小丑”就是杀死自己的父母的仇人。
“小丑”这次虏走了蝙蝠侠的女友碧姬，约定蝙蝠在教堂楼顶决一死战！