话说克利顿星球爆炸之前，超人父母将婴儿放入火箭中送到地球，他被一对农家夫妇收养，长大成为记者。当美国遭野心家企图毁灭时，他就跑进电话亭中穿上S型超人制服，变成挽救各种危机的超人。

　　三名被囚禁在外层空间的克利顿星球大坏蛋逃了出来，来到地球上的一个小镇扬威肆虐。当时超人正与女友在冰宫卿卿我我，并且已经丧失了超人的全部本领而变成了平凡人。在这种不利的情况下，美国总统不得不向这三个大坏蛋求饶。后来超人振作起来，与三个坏蛋展开了殊死搏斗，最终战胜了三个大坏蛋。本片在特技效果上维持水准之外，导演理查德．莱斯特在这部续集加强了超人的人性描写，喜剧效果也较强，部分情节颇具讽刺效果。

一直想寻根的超人（Brandon Routh饰）返回了氪星，希望可以找到其他同伴，但那里的一切早已不复存在。而这一去便是5年。
5年后，超人回到了地球，但是周遭的一切已经改变。他发现地球已经习惯了没有超人的保护，他一直爱慕的路易丝（Kate Bosworth饰）因为馔写了一篇“为什么世界不需要超人”的报道而获得普利策大奖。更令他心碎的是，她已经与主编的侄子订婚，而且是一个5岁孩子的母亲了。
另一边，他的死对头莱克斯（Kevin Spacey饰）利用卑鄙手段骗取了巨额遗产，企图卷土重来。在南极莱克斯找到了超人父亲的线索，以及一块含有超级能量的水晶，妄想借助水晶的力量控制地球。
超人能否战胜心魔，再一次挽救地球于水火？