刑警李国强（余文乐 饰）击毙了杀人魔王陈福来，自己也身中数枪生命垂尾。他在医院休养了四十九天，但刚刚出院就告知职位已被调至杂物科，只因为他的证词里有一些科学无法解释的灵异现象。来到杂物科的李国强遇见了黄警督（郑伊健 饰），这个微胖又酗酒的中年人告诉他，和别的部门不同，杂物科专门处理那些所谓的“灵异事件”，但若想在这里生存下去，就必须坚定一个信念，那就是第一诫：“这个世上没有鬼！”可是这个世上却真的是有鬼的，连月来发生的数起诡异的自杀案件引起了李国强的注意。通过调查，他发现这是陈福来的魂魄杀心不改，他可以通过触碰附在任何人的身上，然后操纵他们的身体为所欲为。为了制伏凶手，李SIR和黄SIR强强联手，展开了一场惊心动魄的大追击。然而就在此时，李国强却渐渐的分不清楚，一直都在鼎力帮助自己的黄警督，他到底是敌是友。

城市中扑朔迷离的人物关系和事件始末。一洗黑钱罪犯被押送回港，职业杀手曲（吴彦祖 饰）将其枪杀后逃逸，背后主谋是洗钱集团首领饶天颂（罗嘉良 饰），但他的儿子也同时被其它神秘人物拐走。案情开始变得千头万绪。这个案件，交由了警察孙（郭富城 饰）负责，孙一向倒霉，这次最令他意外的是，他竟然发现饶天颂的律师杜厚生（郑伊健 饰）有一个叫Amy（李心洁 饰）的妻子，像极了十年前失踪的女友。这一切，让他倾注大量心血在案件调查上。然而，对这桩案件感兴趣的，除了孙，还有杀手曲。他们各有心事，步步为营，在错综复杂的关系和事件中拉扯争斗。

Maise（陈慧琳 饰）与男友高桥裕二（仲村亨 饰）相恋多时，高桥却在结婚当天突然失踪了。Maise决定前往东京寻找高桥，同时装修师父毕大勇（郑伊健 饰）为了追逃Maise欠下的装修费用，便决定跟着她前往东京。互相不信任的二人到了高桥在东京的家，遇到了一直跟踪高桥的私家侦探林贵仁（梁朝伟 饰），原来高桥与黑帮伊藤（阿部宽 饰）的妻子有奸情，于是失踪了。三人最后联手起来，决定一定要找到失踪的高桥，与黑帮抗争。随着追踪的层层深入，Maise也知道了高桥、毕大勇还有林贵仁的真实身份。

蜀山群山之中的昆仑山，掌门孤月大师（张柏芝饰）与徒弟玄天宗（郑伊健饰）相恋，事先预感邪恶的幽泉血魔会进攻昆仑，自知无力抵抗的她，为保天宗性命而借故赶他下山，并将昆仑秘藏武器“日月金轮”交付天宗，而自己则为血魔所杀，昆仑山灵气尽被吸去。
二百年后，邪恶力量再次侵犯正派，峨嵋开山祖师峨嵋真人（洪金宝饰），惟恐此战伤及凡间，乃派大弟子丹辰子（古天乐饰）前往山下疏离凡间正在交战的军队，在途中与程乐天（章子怡饰）、玄天宗相遇，却意外发现血魔的秘密，并因而落入陷阱。在生死之际峨嵋真人率弟子前来救援，玄天宗赫然发现其中一名女弟子李英奇（张柏芝饰），样子竟酷似师傅孤月大师。同时，峨嵋真人发觉中了血魔诡计，一场更为凶险的正邪大战即将展开……

2043年7月1日，犯罪大王将军（卢惠光饰）被捕，一星期后由铁面无私的法官余铁雄（张卫健饰）主审。将军特派其黑社会爪牙健（郑伊健饰）返回50年前寻找铁雄，并将其洗脑使他无法进行审判。政府知情后特派飞龙特警铁面（刘德华饰）、扫帚头（张学友饰）及发达星（任达华饰）返回1993年去保护铁雄。
时大雄为93年一中学长期留班生，常遭同学余忌安（许志安饰）作弄毒打，只有女友采妮（杨采妮饰）对他真心。飞龙三特警混进学校，扫帚头当上老师，铁面做大雄同学，星则任大雄跟班，帮大雄打赢忌安，并向他套取铁雄下落，但大雄却表示校内并无铁雄此人。在这时健亦扮成老师混入学校，另一边大雄母亲要改嫁理查德余……最终飞龙特警能完成任务吗？

Jerry（郑伊健 饰）、Cherrie（郑秀文 饰）还有许乐（葛文辉 饰）是好朋友，Jerry和许乐一直把Cherrie当成是“兄弟”，所以Jerry完全不感受到其实Cherrie很早就喜欢上自己，而且凭着帅气的外表结识了众多女友。后来认识了Jerry认识了芳芳（梁咏琪 饰），并产生了感情，Cherrie看到Jerry认认真真的谈起恋爱来，心里很不是滋味。直到芳芳决定出国留学与Jerry分手，Cherrie才敢说出自己的爱意。