赛菲罗斯的事件已经过去2年了，人类从巨大陨石的灾难之下逃脱。曾经繁荣的都市虽然满目疮痍，但人们已经开始投入重建家园的工作之中。而拯救世界的英雄克劳德，却过着与世隔绝的生活。
但是，神秘的疾病“星痕症候群”在世界蔓延。蒂法•洛克哈特决定找寻克劳德。但当她找到克劳德之时，眼前这个人，只是一个为艾利斯之死郁郁寡欢的落魄男子。
以继承赛菲罗斯的遗志而组成的白发三人组出现在人们眼前，文森特不得不再次挥动双枪，保护大家。而世界的英雄，克劳德，能否再次振作，守护这个世界呢？

1991年，苏联解体，原隶属苏联体系下的社会主义国家纷纷宣布独立，东斯拉夫共和国正是众多新生国家中的一员。然而东斯拉夫两极分化严重，社会严重失衡，反叛军与政府军进行了长达十数年的战争。时间进入21世纪，双方的战争愈演愈烈，甚至传闻已有“怪物”加入进来，战争开始朝着不确定的方向发展。为了调查生化武器的实情，里昂获命来到东斯拉夫。混乱之中，他被反叛军抓获，可是遭到寄生虫操控的人类很快冲击了他们的栖息地和城市。与此同时，艾达也抱着神秘目的来到东斯拉夫。战争毁灭了一切，滋养着恶魔，里昂能否阻止事态进一步恶化呢……
本片根据经典同名电子游戏改编。