《同级生》讲述了这样一个故事：主人公之一的草壁光在某天的音乐课上无意中发现班上的尖子生·佐条利人并没有认真唱歌，只是在动嘴巴装样子，面对这类学生的态度，草壁感到有点不屑。可是当他放学后偶然经过教室时，却隐隐约约听到有人反复唱着跑调的歌曲，走进去一看，发现原来是佐条在练习合唱的曲目。“原来他不是在装模作样呀”，擅长音律的草壁感慨，并且主动开始教佐条演唱的技巧。两人相处的过程中，草壁发现“佐条还真是一个可爱的人”。从此以后，借练习唱歌的契机，草壁与佐条间日益亲密，并且走上了搞基的道路。

就读国中的女孩有栖川彻子（苍井优 配音），因父母离婚而转学来到了石之森学园。令她有些气闷的是，同学们皆以诡异的目光看她，甚至对她敬而远之。从同班同学睦美口中得知，彻子现在所坐的桌子，其前主人曾经陷入一起被称为“犹大及其四位妻子的杀人事件”。而那张桌子后面还有一张桌子，其主人荒井花（铃木杏 配音）长期旷课，花也恰恰是彻子现在的邻居。为了弄清杀人事件的真相，给自己起名“爱丽丝”的彻子壮着胆子进入花的家，进而得知了关于“犹大”的种种往事。
以此为契机，这两个性格有些古怪却灵巧可爱的女孩开始了她们伟大的友谊……