前人类和普通人类的人种战争已经到了白热化的阶段，野野村组长去世后，吉川（北村一辉 饰）、当麻纱绫（户田惠梨香 饰）和濑文焚流（加濑亮 饰）等人聚在未详总部，苦苦思索J教授的真身。谁知就在当麻刚刚弄清真相的同时，警察医院内的成年和儿童SPEC持有者遭到残忍屠戮。愤怒的当麻无法抑制体内被封印的SPEC，她狂乱暴走，继而现身御前会议。在犹大、世界（向井理 饰）、润（大岛优子 饰）的见证下，法蒂玛第三预言实现了。恐怖刺眼的蘑菇云在上空升起，成千上万的八尺乌遮天蔽日，被欲望所支配与荼毒的世界迎来了毁灭时刻。
在命运的交叉点，当麻和焚流能否阻止世界的灭亡？

青年来海（中岛裕翔 饰）是一个坚信自己是天鹅转世的中二神经病，他自幼跟随经营芭蕾舞教室的母亲接受严格训练，然而如今却从事着和芭蕾舞特长有些违和的刑警职业。工作的选择全部源于一个有着天鹅般华丽身姿的刑警。受到感召的来海如愿进入警界并调任东云北署，与同在教育课的鹫尾（高岛政宏 饰）共事。鹫尾成天只知道玩手机，来海却相信他就是那个天鹅刑警。某日，著名外科医生片桐（内田绅一郎 饰）遭人杀害，来海和鹫尾前往调查。在这一过程中，另有一位证人也死于非命。随着调查的深入，案件朝着奇怪的方向发展……