2009年，当麻纱绫（户田惠梨香 饰）和濑文焚流（加濑亮 饰）相识的前一年。在美国FBI学成归来的当麻被分在警视厅公安部公安第五课未详事件特别对策系，接受组长野野村光太郎的直接领导。此前不久，某大型石油企业高管接连被人杀害，死者的心脏无一例外都留下被人用手捏过的痕迹。显而易见，这一系列事件和所谓的SPEC持有者有着极为密切的联系。与此同时，石油企业高管Diablo（大杉涟 饰）高薪聘请神秘SPEC持有者一十一（神木隆之介 饰），企图阻挡神秘的SPEC杀手。一十一，这个日后与当麻和濑文有着不解渊源的难缠敌手将当麻视作杀害父母的爆弹女，之后更斩杀了当麻在美国结识的好友Nancy。
SPEC宏大篇章自此拉开序幕，决定世界命运的重大事件也进入了倒计时……

经过长时间的休整，治疗眼伤的濑文焚流（加濑亮 饰）终于随着当麻（户田惠梨香 饰）重返阔别已久的未详，只是此时来自公安部公安五课的市柳（でんでん 饰）和吉川（北村一辉 饰）握得实权，令濑文等人颇为气闷。与此同时，在市井算命的觉被一掌握瞬间移动能力的黑衣男子射杀，同时遇害的还有觉的保镖以及几名无辜市民。父母双双遇害而作为幸存者并且目击了黑衣人真实容颜的少女久远望（谷村美月 饰）便成为对方追杀的目标。为了保护小望，未详同仁通力合作，并持续追索黑衣人的真面目以及其背后的阴谋。在此期间，当麻也展示了其不为人知的SPEC。一场斗智斗勇的战斗拉开了序幕……

掌控日本国家未来的御前会议上，众要员商议着以猎杀SPEC持有者为目标的“SIMPLE PLAN”，神秘的法蒂玛第三预言亦被提及。数天后，暗中执行猎杀计划的政府成员突然于游艇上全员木乃伊化死亡。案件交由未详系的当麻纱绫（户田惠梨香 饰）和濑文焚流（加濑亮 饰）负责。调查途中两人接到志村美玲（福田沙纪 饰）的求救电话，赶赴救援时与濑文的前同僚兼前恋人青池里子（栗山千明 饰）不期而遇。当麻将美玲带回未详系，原本已经死去的阳太/一十一（神木隆之介 饰）竟从容现身于她们面前。竭力压制着蠢蠢欲动的左手，当麻无力的目睹美玲匆忙留下“一定要阻止法蒂玛第三预言”的信息后被阳太带走。
在阳太的恶意煽动下，普通人类与SPEC持有者间的矛盾日益激化。身处两者夹缝之中，当麻对法蒂玛第三预言和人类未来的走向充满了迷惑。玛利亚、白衣教皇、左手持火之剑的天使……预言中的关键人物们若隐若现，黑暗降临的未来是否终将无法避免？

1984年，受立川派落语宗师立川谈志（北野武 饰）的感染，平凡高中生佐佐木信行（二宫和也 饰）决定终止学业，拜入立川名下成为一名落语表演演员。作为落语界的异端，立川特立独行的风格让徒弟们也吃不消。他破天荒向徒弟收取学费，平日里支使他们干着各种杂务，一旦不满意就破口大骂。有的人因吃不消而选择离开，有的则以理念不合拜入其他师父门下。得名谈春的信行为了梦想甚至和父母闹僵，好不容易令师父青眼相看又错失良机，被发配到筑地的鱼市修炼。在此期间，天才师弟（滨田岳 饰）脱颖而出，两位师兄谈谈（北村有起哉 饰）和关西（宫川大辅 饰）也各自经历着内心的煎熬。梦想当前，谈春他们全力奔跑……
本片根据落语名家立川谈志的人生事迹改编。

青年来海（中岛裕翔 饰）是一个坚信自己是天鹅转世的中二神经病，他自幼跟随经营芭蕾舞教室的母亲接受严格训练，然而如今却从事着和芭蕾舞特长有些违和的刑警职业。工作的选择全部源于一个有着天鹅般华丽身姿的刑警。受到感召的来海如愿进入警界并调任东云北署，与同在教育课的鹫尾（高岛政宏 饰）共事。鹫尾成天只知道玩手机，来海却相信他就是那个天鹅刑警。某日，著名外科医生片桐（内田绅一郎 饰）遭人杀害，来海和鹫尾前往调查。在这一过程中，另有一位证人也死于非命。随着调查的深入，案件朝着奇怪的方向发展……