琴的死亡在X战警中造成了持续的影响，斯科特和罗根恍然若失。学院的教学任务落在了暴风女和金刚狼等人的肩上，变种人在这里才能得到身份的认同。某公司从一名变种人儿童的基因中提取出了还原变异的X基因的“解药”，可以令变种人的身体与常人无异，“解药”的问世在变种人中引起了强烈反响，万磁王四处联系不愿改变体质的变种人，试图用暴力反抗人类社会的不公平待遇。金刚狼等人发现琴并未死去，而且她被唤醒的第二重人格拥有极为强大的力量，X教授和万磁王各自争取琴，她成为了改变变种人世界的关键人物。

麦克（布鲁斯·威利斯 饰）是著名儿童心理学家，却也有始终未能治愈的患者，甚至因此遭到枪击，这名少年随后也饮枪自毙。这给麦克带来很大心理阴影，一年后他找到另一个症状很像这名患者的男孩柯尔（海利·乔·奥斯蒙 饰），并耐心的做起了他的医生。柯尔并不容易接近，但麦克还是慢慢赢得 了他的信任，得知了柯尔的秘密。原来柯尔有着灵异的第六感，可以看到鬼魂。虽然这令人感到难以置信，但麦克在证实了事情的真相后还是帮助柯尔接受了这个事实。
可是就在问题即将得到解决的时候，麦克却在柯尔的引导下，发现了一个更令人震惊的秘密……