在GPS与芹泽军团的恶战之后，铃兰高中进入短暂的和平期。芹泽多摩雄（山田孝之 饰）让出老大宝座，泷谷源治（小栗旬 饰）则持续向恐怖的林田惠（深水元基 饰）发起冲击。8个月时间转瞬即逝，铃兰与宿敌凤仙学院的风波再起。
两年前，川西仁（阿部進之介 饰）所率领的铃兰军团与美藤真喜雄率领的凤仙学院展开大战。混战中，川西刺死真喜雄，他也随后被送入少管所。为防止伤亡进一步增加，铃兰和凤仙签订了停战协议。两年后，川西出狱，遭到凤仙学院的追杀。芹泽出面阻挠，泷谷的介入更摧毁双方的停战协议。继承了真喜雄遗志的鸣海大我（金子ノブアキ 饰）和美藤龙也（三浦春馬 饰）决定以此为契机彻底摧毁宿敌铃兰高中……

恐怖分子在一间教堂里散播病毒，导致俄罗斯东部一座城市完全消失。同样的噩运即将降临日本，日本警视厅严阵以待，并请18岁的天才黑客高木藤丸（三浦春马 Haruma Miura 饰）协助参与其中。藤丸的父亲也是警察，原本负责这起案件，后因卷入误杀事件而被通缉。恐怖组织的折原麻弥（吉濑美智子 Michiko Kichise 饰）以生物老师的身份进入到藤丸所在的高中，并监视着藤丸。为了保护妹妹小遥生命安全，藤丸不得已答应了恐怖组织的要求盗取发电厂管理员密码给对方。在百货公司里，致命的bloody—x病毒怀疑被小丑散播，警视厅出动所有人力，为求保住东京市，差点让所有人命丧当地。幸好藤丸及时发现病毒是假的，虚惊一场。但当所有人都暂时放下心来时，恐怖组织已经开始踏出真正的第一步。
Bloody Monday，是所有死去的人最后说出的话，也是最大的秘密与阴谋。