由一个倒楣到家少年野上良太郎（佐藤健 饰）在倒楣的日常下，因为意外被不良少年们缠上斗殴。也因此无意间捡到了叶奈(白鸟百合子 饰)所遗失的骑士护照，本想送去警察局的路途上无意间被异魔神悄悄附身。在送达的过程中无意间打开了通往 Den-Liner 的门，而遇上了直美(秋山莉奈 饰)却觉得没有异状.....在叶奈搭乘 Den-Liner 找到良太郎的并告诉他希望能将东西还给她的同时，倒楣的良太郎因为惊吓而逃跑，此时叶奈发现良太郎身上的异状......在逃跑的同时又被之前的不良少年缠上，就在良太郎有危机的同时，良太郎身上的异魔神解救了良太郎。之后叶奈告诉良太郎关于特异点以及电王的事情同时，遇上了被异魔神附身的少年...良太郎与众异魔神共同战斗、搞笑、悲伤的故事就从一句"老子，登场"展开。

本片是同名电视剧故事的完结篇。不良学生的戏剧性脱胎换骨、热血的煽情台词、激烈的对战场面，构筑出波澜壮阔的最后故事。

2008年1月の放送終了後も根強い人気を誇る「仮面ライダー電王」の最後の戦いを描く劇場版第3弾。世間で噂の幽霊列車について調査を開始したモモタロスたちの前に、“仮面ライダー幽汽”が立ちはだかる。なんとその正体は、誘拐された電王・良太郎だった。モモタロスや新たに電王となった幸太郎らは、良太郎の言葉を手がかりにデンライナーで300年前へと向かう。新電王・幸太郎を演じるのは「アクエリアンエイジ　劇場版」の桜田通。

本剧场版紧接TV版第27话。在27话良太郎一行人为了追踪异魔神而回到过去，但他们却不知道自己已经落入了牙王的圈套。当良太郎等人消灭完异魔神并想回到Den-Liner的时侯，却发现Den-Liner已经被牙王劫持……
众人被逼留在过去，最坏的情况是良太郎失去了成为电王的所有记忆，桃泰诺斯也因此不能附上良太郎的身体。在机缘巧合下，良太郎遇到10岁时的良太郎（剧中用“小太郎”代替）和异魔神齐格，并且在樱井的帮助下，开始了追踪Den-Liner之旅。
另一方面，回到江户时代的牙王成功夺得神之列车Gao-Liner，且抓住了追踪到来的良太郎，并坐着Gao-Liner回到1988年12月26日。
在1988年，良太郎恢复了记忆，但被牙王阻挠而不能变身。正当此时，樱井带同救兵出现，救兵则是三个不同时间的良太郎。于是，四个不同形态的电王同时出现，最Climax的战斗即将展开……

反塔罗斯军团袭击了银行，还偷走了电王的巴士，妄图统治全世界。为了打到恶徒，“电轨署”成立了，桃塔罗斯等人干劲十足地开始了调查。警视厅派来了铃木刑事负责此案，铃木是个很胆小的警察，让良太郎他们哭笑不得，但又不得不协助他的工作。一行人成功潜入反塔罗斯军团的秘密基地，不料中了机关，被困陷阱。侑斗侥幸逃了出来。而此时，反塔罗斯军团已经向国会议事堂发起了进攻。为了阻止他们，良太郎重披战袍。电王VS反电王，前所未有的壮阔大战拉开了帷幕……

高中生芽衣（榮倉奈々饰）的父母意外双亡后，独自支撑着家庭面馆的她一下子陷入生活的窘境，某日她竟被告知是日本第一财团“本鄉家”的继承人！本鄉家的控制者——芽衣的爷爷决定在承认芽衣前先将她培养成上流社会的淑女。
芽衣被转学至圣露琪亚女子学院学习，柴田理人（水嶋ヒロ饰）则成为她的贴身“管家”，可是在通往淑女的路上，芽衣又会遇上多少的困难呢，不仅是艰深的学业让人望而生畏，众女生不怀好意的挑衅也不期而至……可是为了父母最后的心愿，芽衣下决心接受考验，升级为一位合格的大小姐！

恐怖分子在一间教堂里散播病毒，导致俄罗斯东部一座城市完全消失。同样的噩运即将降临日本，日本警视厅严阵以待，并请18岁的天才黑客高木藤丸（三浦春马 Haruma Miura 饰）协助参与其中。藤丸的父亲也是警察，原本负责这起案件，后因卷入误杀事件而被通缉。恐怖组织的折原麻弥（吉濑美智子 Michiko Kichise 饰）以生物老师的身份进入到藤丸所在的高中，并监视着藤丸。为了保护妹妹小遥生命安全，藤丸不得已答应了恐怖组织的要求盗取发电厂管理员密码给对方。在百货公司里，致命的bloody—x病毒怀疑被小丑散播，警视厅出动所有人力，为求保住东京市，差点让所有人命丧当地。幸好藤丸及时发现病毒是假的，虚惊一场。但当所有人都暂时放下心来时，恐怖组织已经开始踏出真正的第一步。
Bloody Monday，是所有死去的人最后说出的话，也是最大的秘密与阴谋。