故事描述的未来既残酷又美丽...。绝望跟暴力蔓延着在这被世人所遗忘的街道˙流9洲。一名为了生存参加生死拳击赛而失去生命的少年˙栎士，还有可以预看未来之少女˙兰。加上欧尔卡诺之领袖˙大西京吴，以及对这片土地有着深藏于心的雄心壮志之男子˙吉井，组成了【机魂末世录】的故事。
欧尔卡诺以武力统治着流9洲。劳工阶级的武装集团，由其精神领袖木保所率领的救民--一群倡导自由的年轻人所组成的集团˙兰卡。最后是决定远离这个街道，而独自建构生活圈的加贝。就是这样的零星琐碎的集团斗争，巧妙地维持这街道的平衡点，这对街道的和平来说是必要的。还有以生化科技义肢接在人类身上之稀少物质，以及被遗忘的城市之唯一生存意义˙拉菲亚花。象征这街道的欧贝里斯克纪念碑，静静地眺望着这街道喧哗。绝望之狂想曲正在这被世人遗忘的城市演奏着......

岩仓玲音的同学四方田千砂自杀了。没有任何前兆的自杀事件让同学们不知所措，一周后，玲音收到了千砂的短信。明明已死的千砂居然以手机短信和玲音开始了交流。回到家，玲音用爸爸给她的电脑开始与千砂联系。当谈及为何自杀时，千砂回答说“因为我已经不需要身体了，没有身体，我可以在wired网络之间继续活着。”不解的玲音继续调查千砂的事件，发现wired网络之中隐藏的巨大秘密，玲音自己的身世也出现了谜团。玲音面对网络世界中的真相，耳边不断响起千砂的话“我生存在wired中，因为神在那里。”