在火星发现的神秘箱子――“潘多拉魔盒”打开的瞬间，巨大的墙壁突然出现！故事由此开始。被称为“天空之墙”的墙壁把日本列岛分割为三部分，并由此诞生了各自的首都「东都」「西都」「北都」。 其中在“东都”有被称为Smash的未确认生命体出现并暗中把人类逼入绝境。挡在Smash面前而出现的，是一位青年，其腰上戴着腰带、 手上握着不可思议的瓶子 。「变身！」―― 青年天才物理学者变身为假面骑士Build，阻挡在Smash的面前！

继承黄金骑士牙狼称号的年轻高傲的魔戒骑士道外流牙，受命去往
某个森林深处的独立国家・ボルシティ（volcity）。在某个婚礼入场式上感受到霍拉的气息的流牙，无视霍拉化作新娘的掩护、在众人面前斩杀了霍拉，由此被城市中的治安维持部队・SG1当做杀人犯追捕。轻易度过危机的流牙在露宿中看到了夜空中投影的城市新闻，对自己引起的骚动没有任何报导而感到奇怪。
这个城市究竟有何秘密。失去了光辉的牙狼铠甲，和与普通霍拉不同的魔导霍拉有何关系。流牙遇到了年轻的魔戒骑士蛇崩猛龙和楠神哀空吏、以及作为他们的统帅的壮年魔戒法师符礼、和符礼的弟子莉杏。在他们遇到的种种谜团后，流牙开始了狩猎霍拉的使命。
在战斗中、流牙一行逐渐接近了那个在幕后操控魔导霍拉的神秘人可怕的计划、以及他们和这个计划的关系。不久，幕后黑手推进计划的野心、使volcity陷入即将毁灭的危机。为了拯救崩坏的城市，流牙拼上性命向幕后黑手发起挑战。