2012年日蚀的一天进行名为“魔宴（Shabbat）”仪式，从而诞生出魔物“魅影（Phantom）”肆虐。
本作主角操真晴人在此仪式中生还，如谜一般的白色魔法使把变身系统Wizard Driver交付给他并变身成为假面骑士Wizard。
从此踏入守护人类及与魔物战斗的命运。

士为找回失去的记忆而来到新的世界“士的世界”。在这个世界里，士等人来到了一座谜之西式大屋，在屋内他们遇到了一个称士为哥哥、并一直等待着他的少女·门矢小夜。负责照顾小夜的谜之男·月影告诉士等人这个世界已经开始出现毁灭的现象，要防止最恶劣的事态发生，必须决定一个最强的假面骑士，难道夏海梦见的骑士大战即将成为现实……？
然而，于九死一生的骑士大战过后，大地上突然出现巨大的建筑物：大修卡的基地……