乔什·哈彻森饰演的男主角肖恩接收到来自神秘岛屿的求救信号，这个信号与他失踪的祖父息息相关。肖恩决定去神秘岛一探究竟，但母亲的男友（巨石·强森饰演）竭力阻止他，因为传说神秘岛有许多未知的危险。肖恩一意孤行，为了保证他的安全，母亲的男友只好陪同他前往，与他们一起去的还有飞行员父女。 　　在经历重重困难后，肖恩祖孙终于重逢，然而这份高兴没持续多久，岛上的五个人就面临着更大的危机：神秘岛火山喷发地震袭来，岛屿岌岌可危，他们必须赶在岛屿沉没于大海前逃出去。

故事发生在1863年的法国，博学多识的西奥多布洛克教授（特里特·威廉斯 Treat Williams 饰）于偶然之中在古书里发现了一张神秘的羊皮卷，羊皮卷上记载了古人曾经游历地心的传奇旅程。激动的西奥多教授决定重走这一路线，但苦于囊中羞涩，此时，神秘的贵妇黑斯廷（Tushka Bergen 饰）现身，给予了西奥多教授充足的旅费。
就这样，西奥多教授带着侄子乔纳森（杰瑞米·伦敦 Jeremy London 饰）踏上了旅途，他们来到冰岛找到了一位经验丰富的向导，在他的带领之下，一行人由一个火山口进入地下，一个奇幻诡秘充满了危险的地下世界展现在众人的眼前。等待着他们的，会是怎样的奇幻旅程呢？