石原里美在阅读了原作后后萌生了在舞台上演绎的念头，而导演郑义信则是她十分喜欢的舞台剧导演，最终她也如愿以偿的促成了这次合作。《秘密结晶》由芥川奖作家小川洋子同名小说改编，故事以孤岛为舞台，讲述在一个花、鸟、书等等渐渐消失的异常世界里人们之间的故事。石原里美在剧中饰演女主角是一位小说家，共同出演的还包括村上虹郎和铃木浩介等。

远离江户城市，有个没有生气的小村，在那里唯一最热闹的地方就是「丸太」饭店。这饭店经常聚集了江湖怒汉和流莺，洋溢著邪恶的气氛。在这里保护流莺的人叫赤牛弥五右卫（胜新太郎）。
一日，村里来了一个新的浪人，名叫荒牧源内（原田芳雄），原来源内的女友，正是这里的流莺中最美丽的女子阿新（卜口可南子）。与阿新分开了三年的源内当晚带了她回船上共渡春宵。村里的另一浪人是一直想与妹妹阿分卉乡，但却苦无盘川的孙左卫门（田中邦卫）。他们最逼切筹措的是一百两钱。
浪人街上发生了多宗流莺被杀事件。「丸太」的老板太兵卫也因为洞悉凶手是谁而被杀害。凶徒们的领袖是旗本?小幡（中尾杉）。源内搭上了富商伊势屋的妾侍阿叶，二人在客栈内幽会。小幡一党也在客栈内，喝醉了的源内却懵然不知，在二楼抱著阿叶，而小幡一党则在下面喝酒。
第二天，正当赤牛、源内、孙左卫门、阿新及流莺们围著太兵卫的尸体在讨论时，小幡一党七人突然来到，并痛陈世上的混乱都是因为流莺们卖淫所致。一触即发之际，赤牛说：「我是这里的保镖，有事情尽管跟我说。」接著与小幡一党离去。阿新怒骂源内袖手旁观，但源内仍无动于衷，并未出手相助；。嗣后赤牛再没有出现。
在稻荷社，阿分扮流莺引小幡一党出来。阿新突然从藏身处飞身出来突袭他们，但反被他们捉住。出乎她意料之外的，原来赤牛已改投小幡一党。
阿分曾找阿叶相谈盘川的事，为此阿叶特别到孙左卫门那里，并告知伊势屋付了一百两给小幡，孙左卫门把这一百两偷去，赤牛以为是源内偷的，为了引源内出来，放了阿分，但却扬言要把阿新绑在牛上分尸处决。
黑夜来临，源内计划营救阿新，但小幡一党原来斗集了一百二十人暗中进行埋伏；另一方面，阿分与孙左卫门也加入行动…