草薙素子之后，巴特与侦探出身的陀古萨结为搭档。近期发生多起机器人偶杀害主人继而自杀的事件，由于受害者家属均无公诉，且死者中有政客与公安官员，于是公安9课派出巴特小组调查此案。杀人人偶皆为荒凉地带公司出品的哈德莉机型，应部分顾客要求，该机型同时具备异性玩伴的功能，巴特从荒凉地带公司出货官遇害入手，卷入与黑帮的战斗，期间有人入侵他的大脑，使其自残。
巴特决定直奔荒凉地带总部，他与陀古萨拜访了择捉岛上的黑客基姆，后者布下系统陷阱，幸有素子提出警告避免陀古萨陷入控制。依靠基姆这条线索，巴特登上了荒凉地带公司设立在海上的工厂船，素子再次降临他的身边，与其并肩作战。

2029年，公安九课在市容很像香港的日本城市“新港市”中执行各种秘密任务。九课因为不顾正当程序的自作主张、强硬行事，往往与政府其他部门起冲突，例如负责外交的公安六课就与九课不合。另一方面，九课之中的重要人物，全身是义体的机械生化人草薙素子，对于自己的现状一直隐隐感到不满。有一天，公安九课因为一件外国政要的刺杀未遂案而开始追查神秘的黑客“傀儡师”。傀儡师能透过网络入侵人脑，植入虚拟记忆，再利用记忆被窜改的对象来达成目的。虽然九课的追查没有成功，藏有傀儡师的“灵魂”的机械生化人却自行来到九课。公安六课随后赶来将傀儡师绑走。草薙素子因为在事前就推测出六课的绑架行动而成功拦截傀儡师。这时发现原来傀儡师并不是人类，而是公安六课设计来非法操纵人类的电脑程式“2501计划”。2501计划在意外中产生自觉意识，决定逃出六课以求生存，并且要求和草薙素子的灵魂“融合”以求进一步发展。草薙素子最后在同事巴特的协助与掩护下完成融合并且脱离政府掌握，下落不明，其意识与整个网络融合。

在熙攘的人类世界里，很多妖精隐匿其中，他们与人类相安无事地生活着。猫妖罗小黑因为家园被破坏，开始了它的流浪之旅。这场旅途中惺惺相惜的妖精同类与和谐包容的人类伙伴相继出现，让小黑陷入了两难抉择，究竟何处才是真正的归属？

　　陈惊（徐璐饰）是一个古灵精怪、敢爱敢恨的姑娘，江湖人称“神经”。作为音乐附中的奇葩人物，陈惊人缘欠佳只有男闺蜜“油渣”（彭昱畅饰）甘愿为她鞍前马后。自信满满的陈惊恋上了校草师哥，不料却遭到校草的嘲笑和奚落，还引起了校园两大院系之间的大混战。为了向师哥证明自己，陈惊联手“502宿舍”神秘人物组成2.5次元乐团，挑战权威、破除成见，上演了一幕幕生猛搞笑的青春趣事。一个懵懂怪力的少女，一场默默守护的爱恋，一群奇葩义气的小伙伴，“神经女孩”如何逆袭成为“闪光少女”？2017年暑期《闪光少女》放肆揭晓——不一样，又怎样！

近未来，为了治疗现代人类越来越多、越来越严重的精神疾病，位于东京的精神医疗综合研究所开发出一种可以反映他人梦境的机器。通过微型DC的帮助，梦境在显示器上呈现出来，更方便找到一个人焦虑的症结。
某日，三台微型DC失窃，与之相关的研究人员的梦境接连被人侵入，随后受到严重伤害。美女医疗师千叶敦子另一个身份是梦境侦探“红辣椒”，她能够与患者同步体验梦境。为避免盗贼利用微型DC进一步作恶，她不得不潜入受害者的梦中寻找恐怖分子，一场充满奇幻和惊险的争斗旋即展开……
本片入围2006年威尼斯电影节主竞赛单元，荣获2007年葡萄牙奇幻电影节影评人选择奖、2006年蒙特利尔电影节大众选择奖。