电影"南山的部长们"以韩国中央情报部(KCIA)的部长们(副总理级)与他们所主导的政治阴谋为素材， 原作为揭露韩国政治内幕的同名小说，以历代中央情报部的部长金载圭和金炯旭的故事为中心重新创作而成。1979年下半年，YH贸易女工笼城事件、新民党总裁金泳三的国会议员除名事件以及10月的釜马事件先后爆发，政局不定。中央情报部金载圭和强硬派总统警卫室室长发生摩擦，朴正熙对他逐渐反感和不信任。1979年10月26日，在汉城钟路区宫井洞中央情报部官邸中，朴正熙和总统警卫室室长在宴会酒席中被金载圭用手枪枪杀。

板门店边界的共同警备区，一天，哨所里的朝鲜士兵（申河均饰）为来路不明的子弹所杀，引发双方枪战。而最有嫌疑的凶手是同在边界上的韩国士兵，但韩国一方却指责是朝鲜先调起事端，双方都认为对手应该对此负责。
为了解决这一无头案件，南北双方同意由一个中立国来进行调查协调。瑞士国籍韩国女孩苏菲（李英爱饰）受派前来调查事件，韩国这边的李秀赫（李秉宪饰）始终保持沉默，而朝鲜一边的幸存者吴敬必（宋康昊饰）却表现出敌意，事情扑朔迷离。随着深入了解，苏菲发现事情隐藏著内幕，现场还另有其人……