宁采臣（张国荣 饰）与燕赤霞（午马 饰）安葬好小倩的骨灰后，分道扬镳。宁采臣回到世间，正是奸臣当道，朝政混乱，民生困苦的时代。宁偶入一家黑店，险被残杀之际又被捕快误抓入狱，遇到名士诸葛卧龙（谷峰 饰），得其相救。逃出狱后路经一所荒寺，被年青鬼马道士知秋一叶（张学友 饰）缠上，误会不断。山庄中阴森恐布，隐藏着一只巨尸，然巨尸未现，却出现一伙白衣鬼魂。宁偶摘掉其中一女子面具，发现其竟与昔日恋人小倩（王祖贤 饰）一模一样……

明末年间，中原与金国边境战火硝烟四起，姬无双（吴镇宇 饰）的魔教大行肆虐。朝廷与武林联合抗敌。武当派首徒卓一航（张国荣 饰）自幼桀骜不驯，但天资过人，极受掌门紫阳真人看重。卓一航幼年奇遇不断，先后结识了当时还只是武官的吴三桂（高雄 饰）与神秘的狼女（林青霞 饰）。成年后的卓一航为人正直，但浪子本性不改，不愿受礼教束缚，仗义行侠却屡屡受指。大师姐（蓝洁瑛 饰）对其倾心，卓一航却毫不动心。再次偶遇狼女，卓一航心生爱意，狼女亦为之倾心。然后正邪不两立，有情人面对诸般艰难险阻，终是黯然收场……

大内库藏武功秘笈《葵花宝典》失窃。东厂主管太监古今福（刘洵 饰）率千户欧阳全（张学友 饰）等，南下调查辞官锦衣卫林镇南，同时收用“五岳盟主”左冷禅（元华 饰）外围策应。华山派大弟子令狐冲（许冠杰 饰）与师妹岳灵珊（叶童 饰）奉师命增援林镇南，无奈两人实力不济，领得林镇南遗嘱后遁走，二人于路先后巧遇顺风堂堂主刘正风（午马 饰）、日月神教长老曲洋（林正英 饰）、华山派风清扬，获传《笑傲江湖》曲谱和独孤九剑。
各路人马为《葵花宝典》纷纷聚于苗人地界，欧阳全与左冷禅争功不下，遂假扮林平之混入华山派一行。令狐冲结识日月神教任盈盈（张敏 饰）与蓝凤凰（袁洁莹 饰），因曲洋之关系得其协助。古今福与岳不群为《葵花宝典》大打出手，令狐冲不忍一班师兄弟受牵连愤而使出独孤九剑，始明了“笑傲江湖”真意。
本片根据金庸同名小说改编。

令狐冲（李连杰饰）在按计划与日月神教的朋友会面后，将和小师妹岳灵珊（李嘉欣饰）等其他华山派师兄弟赴牛背山归隐退出江湖。路途中意外发现练就“葵花宝典”的东方不败（林青霞饰），但令狐冲不认识东方不败，误将对方当成一位美貌女子。后来几次相遇，还一道饮酒吟诗。
在同任盈盈（关之琳饰）、蓝凤凰（袁洁莹饰）会合后，几个月来江湖不平，大事连连。任我行为东方不败所囚禁，他们商量着夺回日月神教，便乔装进入浪人营打探，救出任我行。
另一边华山派弟子惨遭毒手，黑木崖上，令狐冲和一干人都想着报仇，他惊觉眼前人竟是东方不败……