谁也没有想到，一起惨无人道的女童虐杀案件竟会让全日本上下陷入疯狂。遇害者的爷爷蜷川隆兴（山崎努 饰）是在经济领域执牛耳的大人物，这名悲痛至极的老人在发行量最大的报纸上刊登悬赏启示，凡能杀死嫌疑人清丸国秀（藤原龙也 饰）的人，将得到10亿日元的酬金。这则前所未有的启示很快发生了作用，担心自身安全的清丸在福冈县投案自首，但为了将其押送回东京送检，还将跋涉一千多公里的路程。此时此刻，日本国民已经相继化身为为了金钱不惜动武杀人的阿修罗。危急关头，SP铭苅一基（大泽隆夫 饰）、白岩笃子（松岛菜菜子 饰）、奥村武（岸谷五朗 饰）、神箸正贵（永山绚斗 饰）以及关谷贤示（伊武雅刀 饰）等五名精英承担了押送的任务。交杂着人性和法律的抗争，恶魔清丸和保护他的警察踏上漫长而凶险的旅途……
本片根据木内一裕的同名原作改编。

《仁医2》完结篇延续前篇剧情，历史依旧向着既定方向有条不紊的前行，更多耳熟能详的历史角色悉数登场。南方仁（大泽隆夫 饰）以大夫的身份在江户时代生存了下来，所开设的医馆仁友堂亦步入正轨。一天他得知橘咲（绫濑遥 饰）的母亲患了当时普遍的脚气病，由此决意制作并普及可治愈该病的点心。与此同时，坂本龙马（内野圣阳 饰）出现在仁面前请求帮助。仁随龙马来到京都救治胜海舟的师父佐久间象山，竟从苏醒的后者口中得知了惊人的往事……禁门之变后京都满目疮痍，原本留下救人的仁被新撰组带至萨摩藩救治西乡隆盛。此后，坂本龙马牵线西乡隆盛与长州藩，促成萨长同盟。
亲历着幕末日本局势的陡然巨变，仁对自己之于这个时代意义有了崭新的认识。在不远的未来，他将重新邂逅寻找新生活的野风（中谷美纪 饰），前篇中围绕在他们周身的谜团亦将逐一得到解答。

16世纪末的日本，明智光秀发动本能寺之变，杀害了离称霸天下只有一步之遥的织田信长，丰臣秀吉（奥田瑛二 饰）率兵打败光秀，继而建立丰臣政权，天下得到久违的和平。
15年后的和平年代，劫富济贫的大盗石川五右卫门（江口洋介 饰）名扬四海，备受穷苦老百姓的喜爱。盛典之夜，五右卫门潜入某富豪家中行窃，结果导致该富豪及其家人被五奉行之一的石田三成杀害。原来五右卫门顺手牵羊偷走了一个藏有惊天秘密的匣子，随后又将其扔掉。次日，得知昨夜详情的五右卫门来到贫民窟寻找匣子，与此同时，石田三成也派出忍者雾隐才藏（大泽隆夫 饰）追踪匣子的下落。连番激烈的搏斗旋即展开，而那个惹来腥风血雨的匣子究竟有隐藏着什么秘密呢？

东都大学附属医院某夜紧急收容了一名头部受创的神秘男子，脑外科值班医生南方仁（大泽隆夫 饰）为其顺利完成手术，手术转醒后男子却莫名出逃。仁在追赶中自台阶摔下昏迷，再次醒来后发现自己已身处一片树林之中，有盘头武士在厮杀。以为在拍时代剧的仁险遭殃及，所幸被青年武士橘恭太郎（小出惠介 饰）所救。仁随负伤的恭太郎回到橘家，在极其简陋的条件下为其进行了手术。目睹手术全过程的恭太郎之妹橘咲（绫濑遥 饰）深受触动，对仁产生了浓厚的兴趣。次日早晨，仁从咲口中得知震惊的事实：自己竟穿越到了幕末的江户时代！
自此，偌大的历史画卷逐渐铺现。以仁在医学所的浮沉及自立门户后的众多医疗事件为主线，不仅坂本龙马、胜海舟、绪方洪庵、新撰组等人物/组织悉数登场，仁更邂逅了与自己在现代的未婚妻样貌惊人相似的美丽花魁野风（中谷美纪 饰）。深感命运神奇的仁在试图将现代医疗技术引入江户的同时，也努力扭转着历史洪流中众人命定的走向。
本剧改编自日本漫画家村上纪香同名漫画代表作，TV版完结篇亦已于2011年播出。