本片是《麦兜故事》系列的第三部，由现实和动画两部分故事组成。
现实部分的故事开始于一次“人质挟持事件”，一群持枪匪徒闯入香港中环的国际金融中心（IFC），劫持了一家广告公司的数十名职员，在和警方对峙的关键时刻，匪徒提出要吃外卖盒饭，警方进一步调查发现此案线索涉及“春田花花幼儿园建校五十周年校庆”，而匪徒在与广告公司职员交谈时，发现某个直发披肩女孩（周笔畅）来自著名而神秘的网站春田花花幼儿园，产生好奇。而穿插在现实部分里的动画故事，春田花花幼儿园的小朋友幻想着自己将来快乐简单的理想职业生活，可是长大的他们（黄秋生、郑中基、梁咏琪等），换取温饱的方式多数变成了目标不分的随大流装傻。

麦兜，一个长得不帅，头脑平平的小朋友。和妈妈麦太太，在香港一个叫大角咀的地方过着并不富裕却很快乐的生活。从麦兜带着妈妈的期望来到世界那一刻开始，他的脑海中一直飘满七彩幻想的泡泡。那个蓝天白云，椰林树影，水清沙白的童年的马尔代夫，那充满诱惑的圣诞火鸡的浓香，还有那个关于“抢包山”的奥运金牌的梦想，让麦兜平凡着他的平凡，却幸福着他的幸福。麦兜，和春田花花幼儿园的小朋友们一起，陪着我们，简单的在爱的呵护下慢慢长大。

长江三峡，考古学家掘出庞然巨物，手工奇劣，一看竟是麦子仲肥又一废物出土！麦子，名兜，字仲肥，是我国一位吃饱撑的思想家、发明家。正当大家不知如何处置这大而无当之物，一位怀疑是麦子十八代后人的小朋友，麦兜（郭君彦/张正中 配音），正与妈妈麦太（吴君如/宋丹丹 配音）一起在香港发呆。
麦兜很慢，很乖，很钝，被评定为多元低智能。麦太也好不了多少，半辈子乱冲乱扑，却都在扑空。为了自己，为了麦兜，麦太决定带麦兜来内地闯天下。到了武汉，麦太忍痛先把麦兜送到山上一武术学校“太乙春花门”寄宿。山上生活清苦，掌门道长（黄秋生/张立昆 配音）呆头呆脑。麦兜无心习武，最大的乐趣是跟小同学偷入炼丹房煮方便面；值得庆幸的是，麦兜的身边还有一位可亲的助教“熊宝弟弟”，不时照顾麦兜。
“世界幼儿园武术大赛”即将举行，“太乙春花门”小朋友软手软脚，看来只有挨揍的份儿。“国际幼儿园武术大赛”，麦兜迎战各地好打小朋友。这时，麦兜祖宗麦仲肥的巨物突然当、当、当的响起。原来这是个一年等于一秒，每三千六百年才报一次时的大钟…大成若缺，大器晚成。麦兜忽然领悟出太极拳，以至自己生命的道理……