由原作动画“真选组暗杀篇”为主线剧情，并另外搭配短篇搞笑日常组成。 真选组副长土方十四郎在护卫将军的过程中，遭遇浪士偷袭，脖子被植入芯片，以至于行为御宅化，对于二次元事物无法抗拒，洽逢真选组参谋—伊东鸭太郎归队，野心勃勃的伊东策划排挤土方，并与鬼兵队联手，企图在列车上暗杀组长近藤勋。 土方在意识清醒时委托万事屋保护真选组，阿银一行人也因此意外卷入事件，并在过程中意外发现鬼兵队河上万斋等人的真正阴谋…

外星异族降临地球后，人类成了“二等公民”。三个曾反抗外星人失败的伙伴，如今时过境迁境遇各不相同：坂田银时（小栗旬 饰）整日晃晃悠悠没正经、成立了什么业务都接的“万事屋”；桂小太郎（冈田将生 饰）继续组织着反抗异族的力量、延续对抗；高杉晋助（堂本刚 饰）则变成了憎恨世界的人，为毁灭一切不择手段；一把意外出现的妖刀“红樱”杀人事件，把曾经一起战斗的三个伙伴重新串联在一起……

银魂完结篇即将上演，坂田银时（杉田智和 配音）在影院抓住一个盗录的电影小偷，谁知刺眼的白光之后，他却被带到一个颇有些陌生的世界。不远处的江户，曾经的繁华早已不再，高楼大厦已变成没有人居住的废墟。原来此刻银时正身处五年后的未来，过去的岁月里，名为“白诅”的神秘病毒恣意蔓延，导致世界濒临毁灭边缘。他在荒芜的街道见到了飒爽英姿的志村新八（阪口大助 配音）和武功高强的神乐（钉宫理惠 配音）。似乎未来世界的银时当初为调查白诅而意外死亡，新八与神乐继承了他和万事屋的遗址，与一切恶徒作战。
化名阿珍的银时回到破败的街道和朋友们身边，此时他仿佛背负起改变黑色未来的重大使命……