世界上自古流传的两条头带,"一番"和"二番",佩带一番者有如神,唯一能向其发出挑战的就是二番佩带者,但全世界的人都可以向二番发起挑战. 少年阿非目睹了曾经作为一番的父亲被来挑战的二番"正义"斩首,从此,背负着杀父之仇走上了挑战一番的道路.

1614年，德川家康73岁，年迈的他为了第三代将军继承人人选的问题而烦恼。难以决断的德川家康将决定的权利交给当时势均力敌的两大忍术宗家，它们分别是甲贺流和伊贺流。在前人服部半藏的调解下，曾经水火不容的两家签下了“不战条约”，但在权利和政治的挑拨之下，条约被撕毁了 。
两家各派出十名忍者，他们要相互残杀直至仅剩一方幸存，而幸存方所支持的对象即可成为下一代将军。其中，甲贺流的头领甲贺玄之介（鸟海浩辅 配音）与伊贺流的头领胧（水树奈奈 配音）在战前曾经是两情相悦的恋人，与此同时，甲贺流与伊贺流的一些成员之间也有着复杂的感情纠葛。但是此时此刻，仿佛被丝线牵引的人偶，他们必须摒弃所有的感情，展开一场血腥残酷的厮杀。

在未来，南极的上空出现了被称为“通路”的蘑菇云般的时空通路，外星生物“迦姆”利用它发动了对地球的攻击。经过33年惨烈的战斗，人类终于将“迦姆”封印于道路的彼端——菲雅利星球。然后，随着迦姆的消失，人们开始渐渐淡忘了这件事，但战斗仍然在菲雅利星球继续着……

原作《战斗妖精雪风》为荣获日本科幻大会星云赏的神林长平小说代表作，由精于3D动画以《青之六号》《Last Exile》为代表作的Gonzo小组改编为OVA，另有著名的Production.I.G和航空自卫队的协助，打造了这部史上最真实的硬科幻空战动画。所有空战用语均极为专业，为体验速度感，小组成员还亲自乘坐F15战机以求得灵感。总共花了五年时间，打造出这部金字塔级的硬科幻作品。故事与画面的张力，让其他任何一部空战类作品望尘莫及。

故事描述在称为布雷斯提尔的世界，名为“吉尔多”的巨大组织独霸了航空技术，企图利用手中强大的科技力量控制世界。这个世界的两大国家安纳托雷和度西斯处于交战状态，为了争夺霸权，两国都委托吉尔多设计空中战舰，并且由吉尔多统一提供引擎。两名拥有一艘Oneship的飞行员克劳斯·沃克和拉维·海特，他们经营空运业务。两人在一次飞行器事故中救了名叫做艾尔维斯·汉密尔顿的少女，并且将她送往空中战舰西耶瓦那，从而卷入到悠关世界存亡的大战中去......

和久隆（阪口大助 配音）、小高胜（保志总一朗 配音）、矢村大一（杉田智和 配音）、半井摩子（井口裕香 配音）等十五名少年少女，正满心希冀的准备迎接即将到来的暑假。就在此时，一位名为可可贝利的神秘男子突然出现，邀请孩子们参加一个电脑游戏。在游戏中，他们将会驾驶着巨大的机器人，和邪恶的外星物种进行战斗。
在半推半就之中，孩子们和可可贝利定下了契约，而契约一旦签订，无论发生了什么，孩子们都不可能放弃这个游戏。然而，让他们没有想到的是，巨大的机器人行动所使用的能源，竟然就是他们的生命，也就是说，无论是失败还是胜利，每一个驾驶员们所要面对的结局只有一个，那就是死亡。