明天启七年，北镇抚司锦衣卫沈炼（张震 饰）在一次扫除乱党任务中，为救画师北斋（杨幂 饰），将同僚凌云铠（武强 饰）灭口。此后一方面要摆脱来自陆文昭（张译 饰）、裴纶（雷佳音 饰）的质疑与调查，一方面又在神秘女子的要挟下放火烧了锦衣卫经历司。裹挟在乱世，沈炼与北斋情陷其中，却越陷越深。而在这一切的背后，巨大阴谋正暗中布局。众生如蝼蚁囿于修罗场，逆鳞之战，一触即发……

进入了明治时代，曾经的“刽子手拔刀斋”绯村剑心（佐藤健 饰）已经习惯了神谷道场的安宁生活。谁知就在这一天，倒幕战争时的旧友——号称维新三杰之一的大久保利通（宫泽和史 饰）将其请去。原来继承了剑心刽子手身份的志志雄真实（藤原龙也 饰）当年被新政府背叛，侥幸活下来的志志雄正秘密筹措称霸日本的可怕计划。大久保死后，深感背负不可推卸责任的剑心只身上路，在途中不仅偶遇京都女忍卷町操（土屋太凤 饰），还在新月村和志志雄有了第一次的遭遇。与此同时，相乐左之助（青木崇高 饰）、神谷薫（武井咲 饰）、明神弥彦（大八木凯斗 饰）、斋藤一（江口洋介 饰）也相继赶往京都。阴云密布的时代，酝酿着一场席卷全国的风暴……
本片根据和月伸宏的经典漫画原作改编。