1988年7月，关东地区使用新型炸弹进行爆破，第三次世界大战即刻爆发。31年后，人类从一片废墟中重建都市，东京湾上建立了巨大城市——新东京。世界仿佛要恢复到以前的繁荣。
　　2019年的一个夜晚，新东京郊外的封闭高速公路上，暴走族团体正在公路上飙车。带头的少年，是一名叫做金田的职业高中学生。
　　突然，街上出现了一位奇怪的矮个子男子，暴走族少年铁雄为躲避车祸连人带车飞出公路。正当金田要拿那位男子问罪之时，军队驾驶直升飞机赶到，将那位矮个男子与铁雄一起收押。
　　铁雄进入了一个陌生的地方，这里似乎在从事超能力的研究。而金田则在盘算如何营救铁雄。二人都不知道，他们的未来，因为神秘力量——阿基拉而已经开始了巨大的变化。

とあるマンモス団地内で変死事件が連続して発生。警察が捜査を進めるも手がかりは一向に掴めず、担当の刑事部長までが不可解な死を遂げてしまう。そんな中、一家で団地に引っ越してきたばかりの特殊な能力を持つ少女「悦子（エッちゃん）」は、団地内に住む老人「チョウさん」が超能力を悪用して殺人を行っていることに気付く。少女と老人、超能力者２人の対決はやがて団地全体を巻き込む惨事へと発展していくのだった。