新宿歌舞伎町的民宿大厦——“流氓公寓”的山口组蜗居点。黑社会组织安生组的老大安生芳雄与情妇及一亿日圆现金失踪后，流氓公寓每天都有黑道人被杀。外界断定这是传说中的杀手“Ichi”所为。武斗派头目垣原 于是开始疯狂寻找凶手。垣原是个极度被虐狂，视虐待成狂的老大如自己的神明一般，迷恋与崇拜他。垣原误信退役江湖老鬼阿叔，掳劫了敌对帮派头目，酷刑逼供，引起江湖风暴，令安生组进退失据。老大情妇Karen 与阿叔相熟，为讨好垣原以身犯险。Karen在阿叔帮助下，渐渐接近神秘杀手阿一……

1865年夏的京都，德川幕府创建的法度森严的新撰组遴选新队员，下级武士田代彪蔵（浅野忠信）和美少年加纳惣三郎（松田龙平）因剑术出类拔萃被选中。初入队，加纳即出色地完成处决破坏法度的队员的命令。
队中有人传言加纳和田代是一对，同时加纳与另一队员汤泽藤次郎也保有暧昧关系，不久，汤泽被杀，几番带加纳去欢场的山崎也遭人偷袭，新撰组正负组长近藤和土方（北野武）根据现场留下的短刀将田代定为凶手，并命加纳前去讨伐田代，然而实际上，一切死亡事件都系加纳精心策划，他的美貌已经使整个新撰组陷入混乱中。