在喜玛拉雅山长大的亚星（郑中基）练有一身瑜伽好功夫，某日奉父母之命下山参加印度西施家族举办的瑜伽选夫比赛的途中，被恨嫁的大家姐（应采儿）缠住。为了阻止亚星参加比赛，大家姐想出把他变成人见人厌的坏小子的狠招，不想联合三大恶人也没能将亚星改变，不甘心之下，大家姐又找来以坏混世的大胆叔叔（吴镇宇）。
可惜大胆叔叔与朋友惊青舅父（刘青云）及其两个外甥已不幸被印度催眠术催眠，连自己是谁都不再晓得，然而亚星总算找到了领门人，赌场的两头神蛇把他教成了沉迷于赌博和吸毒的坏小子，此时，大家姐发现还是原来的亚星比较好，决定陪其一同喝下“印度神奇油”回到从前。

阿文（刘青云 饰）是一名私家侦探，常常压榨他的两名伙计阿杰（古天乐 饰）与鸡泡（陈小春 饰）。他们从古董店里拿回了一只神灯，阿文随手把灯丢到大街上，一个名叫哈咪波波（张栢芝 饰）的女巫从灯里冒出。波波来到了阿文的侦探社，波波要他们每人说出一个愿望，实现后波波才能回到自己的世界，阿杰阿文都以为她是鸡泡的表妹。可是法术失灵，阿文他们都不相信她，她只好一直从中帮助阿文他们几个。阿文的牌局让波波的失灵法术给搅和了，并与石坚（吴镇宇 饰）结仇，石坚也认了波波的筷子姐妹花（Twins 饰）表妹做干女儿。笑话因此不断闹出。

明末年间，中原与金国边境战火硝烟四起，姬无双（吴镇宇 饰）的魔教大行肆虐。朝廷与武林联合抗敌。武当派首徒卓一航（张国荣 饰）自幼桀骜不驯，但天资过人，极受掌门紫阳真人看重。卓一航幼年奇遇不断，先后结识了当时还只是武官的吴三桂（高雄 饰）与神秘的狼女（林青霞 饰）。成年后的卓一航为人正直，但浪子本性不改，不愿受礼教束缚，仗义行侠却屡屡受指。大师姐（蓝洁瑛 饰）对其倾心，卓一航却毫不动心。再次偶遇狼女，卓一航心生爱意，狼女亦为之倾心。然后正邪不两立，有情人面对诸般艰难险阻，终是黯然收场……

1991年，香港黑帮龙头倪坤被杀，倪氏家族旗下五大头目中除韩琛（曾志伟）外，均伺机背叛发难，不料却被倪家不起眼的第二代倪永孝（吴镇宇）不费一兵一卒牵制，此举引来重案祖督察黄志诚（黄秋生）的戒心，使其派出警校学生陈永仁（余文乐）渗入倪家进行长期的卧底工作，而韩琛为了巩固势力，早在警察内部安插了线人刘建明（陈冠希）。三年后，事业蒸蒸日上的倪永孝为安枕无忧，决意将五大头目一举歼灭，却因疏忽让韩琛成为漏网之鱼。
1997年，大难不死的韩琛重出江湖，为替死去的同事报仇，黄志诚找到他商议合作除掉倪永孝的事宜，不久却发现此举铸成大错，而各自为自己的尴尬身份苦恼的陈永仁和刘建明，则在无间道的路上越行越远。

Ben（吴镇宇）是香港一档电台节目《恐怖热线》的监制，忙于工作的他日渐疏忽女友Helen（周丽淇）。Helen是一名护士，曾瞒着Ben做掉腹中胎儿，此事令她难以释怀，时常会看到幻象。Mavis（何超仪）是美国电视新闻网络记者，她及摄影师等一行五人到港拍摄有关香港电台文化的特别节目，第一个研究对象便是《恐》，但Ben并不友好，只准他们在直播室外拍摄。
某晚，《恐》主持人接到自称Chris的男人来电，说1963年他与6个同学在西环踢足球时，无意中在球场附近的山洞内发现一只“大头怪婴”，当即吓得魂飞魄散，甚至信奉伊斯兰教的校长亦不能用手中的《可兰经》将之制服。Chris的电话引来始料未及的热烈回响，Ben与Mavis都决定对此展开深入调查，但两人新闻出发点有异。几乎同时，Helen所在的医院接收了受到过度惊吓的青少年Sam（李灿森），对他，Helen没像其他护士一样慌忙躲闪，相反亲爱有加。
Mavis和Ben依据有限线索找到老校长的养女Connie（张佳佳），从她口中得知，Chris不久前曾同6个男人看过老校长。随后《恐》直播时，主持人再次接到Chris的电话，但这次却是对他们的诅咒。不久，Mavis的摄影师离奇死去，他拍下的影像显示，当晚直播间里多出一个人影。Mavis和Ben展开更进一步调查，发现1961年的确有孕妇生下骇人的“大头怪婴”，Chris的6个同学也早已集体自杀。而Ben在向Helen求婚之后，Helen的行为却在某夜发生异变，她来到医院，将Sam带到一陌生地。

陈浩南（郑伊健 饰）、山鸡（陈小春 饰）、巢皮等人从少年时代起就是好友。他们无心读书，一心向往江湖生活。终于大佬B肯收他们为小弟，开始闯荡江湖。浩南在一次黑帮仇杀中大展拳脚，杀死了黑道大哥巴闭，因此与另一头目靓坤( 吴镇宇 饰)结下深仇。靓坤设法加害浩南，令浩南兄弟巢皮惨死，而浩南误服药物与山鸡女友发生关系，兄弟间开始积怨。浩南心灰意冷，打算收手，怎料大佬B遭全家灭门，自己经营的店铺被烧毁，靓坤的步步相逼令浩南忍无可忍。

老先生（乔宏 饰）有三个儿子。老大老良（黄百鸣 饰）整天忙于工作而忽略了老婆贤淑（伍咏薇 饰），贤淑每天在家中打点，却遭到老公误会她红杏出墙。次子老非利用读书逃避到投身社会，个性单纯，向往爱情却遭到伤害，之到后来认识了从北方来的小莲（吴倩莲 饰）。适逢老三老恭生日，平日老恭作恶多端，生性风流，两个哥哥以买彩票为名作为礼物送给老恭，其实那本来是一张过期的中奖彩票，他信以为真，因此欠下了巨债。祸不单行的他撞车脑震荡，变得疯疯癫癫……