飞虎队督察Mike（王敏德）被下放到环境复杂的红番区后，成为一群散漫的生番警察的领导，这群人中尤其烂鬼东（黄秋生）最让他头痛，此人曾殉私让其杀了人的黑帮好友Roy（张耀扬）潜逃，初来乍到时，Mike吃尽他带头搞的苦头。Roy的心腹图钉华（谭耀文）借大佬潜逃坐上第一把交椅，接收了包括女人YoYo（周海媚）在内的Roy的一切“财产”，成为Mike等人眼中的头号敌手。
Mike为找图钉华犯罪证据监视YoYo时，与之生出真情。偷渡回港的Roy得知被Mike戴了绿帽子后，气急败坏欲找Mike报仇，不想被图钉华一刀劈死。烂鬼东得知好友死讯后立时大怒，独自一人闯入图钉华老巢，刑警即可变作野兽。

日本恐怖分子赤虎把香港作为亚太区的走私军火的重要基地，他们还使用了高端科技，蓄意挑战特区政府，政府束手无策，继而严重威胁到全港市民的安全。警官陈聪（曾志伟 饰）为了证明自己的能力，到警校挑选了Jack（谢霆锋 饰）、Match（冯德伦 饰）、异型（李灿森 饰）与千年虫（叶佩雯 饰）四名叛逆少年组成一支特警新人类，务求抓拿赤虎。特警在首次行动渗入了黑帮杰少的组织，杰少正是赤虎的接头人。特警渐渐得到杰少的信任，却又被警方视为杰少的同谋，腹背受敌。在众人奋力逃生之时，也发现了赤虎的重大阴谋……