明末年间，中原与金国边境战火硝烟四起，姬无双（吴镇宇 饰）的魔教大行肆虐。朝廷与武林联合抗敌。武当派首徒卓一航（张国荣 饰）自幼桀骜不驯，但天资过人，极受掌门紫阳真人看重。卓一航幼年奇遇不断，先后结识了当时还只是武官的吴三桂（高雄 饰）与神秘的狼女（林青霞 饰）。成年后的卓一航为人正直，但浪子本性不改，不愿受礼教束缚，仗义行侠却屡屡受指。大师姐（蓝洁瑛 饰）对其倾心，卓一航却毫不动心。再次偶遇狼女，卓一航心生爱意，狼女亦为之倾心。然后正邪不两立，有情人面对诸般艰难险阻，终是黯然收场……

天山派李秋水（林青霞 饰）爱上掌门师兄逍遥子，却不知逍遥子所爱的其实是李秋水的孪生妹妹李沧海（林青霞 饰）。而天山童姥巫行云（巩俐 饰）对李沧海亦有超越性别之爱。逍遥子被同门叛徒丁春秋（徐少强 饰）下毒中伤，被迫归隐到飘渺峰，设下“玲珑棋局”等来本性善良、佛性极深的有缘人虚竹 （林文龙 饰），将百年功力悉数相传，以期代他清理门户。 为夺少林宝物，丁春秋率阿紫（张敏 饰）、诱动连手的李秋水等人欲血洗少林，得到了逍遥子毕生功力的虚竹在巫行云的帮助下临危受命，与丁春秋展开了回合大战。

宦官专权的明朝中叶，东厂曹少钦（甄子丹）假造圣旨杀害了忠良杨宇轩，并想斩草除根杀死其后代。侠女邱莫言（林青霞）、江湖义士贺虎等人冒死救出忠良后代后，逃至边关沙漠里的龙门客栈，与杨宇轩部下周淮安（梁家辉）会合。龙门客栈实则黑店，老板娘金镶玉（张曼玉）利用乱世，以美貌和风骚 作诱饵杀人越货聚敛钱财，但她却为英俊潇洒的周淮安动了真心。为了摸清潜藏于龙门客栈中的出关暗道，周淮安将计就计，答应与金镶玉成亲。
洞房花烛夜，楼上的周淮安与金镶玉各怀心事暗中较劲，楼下的邱莫言、贺虎等人也与东厂一众“走狗”展开了明争暗斗，战事一触即发。

黄雪梅（林青霞 饰）的父母因保护“天魔琴”为六大门派追杀致死，小弟黄麟也失踪。她抱琴跳崖，重伤未死，并练得绝世之功“天龙八音”后出山报仇。她设计让欲夺“天魔琴”的武林人士自相残杀。在与飞虎镖局吕腾空义子吕麟（元彪 饰）交手中，雪梅发现他就是自己失踪的弟弟……

韦小宝（周星驰 饰）要护送建宁公主（邱淑贞 饰）嫁到云南，在途中遇到了独臂神尼的刺杀。小宝被抓走后，借口拜神尼为师，其实是想追求其徒弟阿珂（李嘉欣 饰）。不料韦小宝被神龙教圣女龙儿（林青霞 饰）抓走，想要报了之前在王宫里埋下的仇恨，却没想到遭到了平西王的陷害。韦小宝极力相救，龙儿以身相许更把绝世武功传于韦小宝。韦小宝与公主之间的事情被平西王发现了，平西王更提前造反，小宝将贪图富贵的冯锡范骗到东郊皇陵，没想大那里竟然饰大清龙脉……

水师提督顾长风（于荣光饰）奉朝廷之命带领西班牙舰队探访黑木崖，过程中西班牙领队欲打开东方不败的棺木与视东方不败为偶像的顾长风发生争执。正在此时黑木崖上忽然现身一怪人（刘洵饰），可以以掌接西班牙火枪子弹。顾长风被怪人所救，却身受内伤，坚信其便是东方不败，坚持要一见其真面目 ，虽死无憾。怪人一偿所愿，让其看自己的庐山真面目，正是当年风采依旧的东方不败（林青霞饰）。顾长风告诉东方不败江湖上有很多人正在冒充他的名号为非作歹，东方不败于是决定留其性命，让他看着自己重出江湖。与此同时，东方不败旧时爱妾雪千寻（王祖贤饰）正率领着一群苗人打着东方不败的旗号与日本倭寇就海域问题谈判，雪千寻痴心不改，重组神教只是为了等待爱人归来......