蟹堡王毗邻本店的二号店即将开张了！海绵宝宝满心期待，以为分店经理一职非自己莫属，然而蟹老板却以他不够成熟为理由，将分店交给章鱼哥打理。同时看着蟹堡王做大的痞老板再出毒计，他偷走了海王星国王的王冠，并嫁祸蟹老板，盛怒的海王星要处死蟹老板，但为了拿回王冠，给忠诚的海绵宝宝和派大星六天时间，让他们去无人能够生还的贝壳城取回王冠。而痞老板得逞后偷走了蟹老板的蟹黄堡配方，生意迅速大热，他趁机把能够操纵思想的头盔赠送给顾客们，要通过控制海洋生物称霸世界。另一面，海绵宝宝和派大星踏上了无厘头又凶险万分的寻冠之路，前往传说中独眼巨人栖息的贝壳城……

2021年，随着超光速航行技术的实现，人类得以在太阳系范围内方便的自由移动，但是由于设计上的失误，这种技术引发了月球的爆炸，无数的月球碎片被吸引向地球，造成了空前绝后的大灾难。存活下来的人类逃离地球，并开始在太阳系各地建立家园。由于这次灾难，国家、政府等权利机构都极为不稳定、治安问题也成为了一个难题。为了在人力资源不足的情况下抓捕罪犯，有些组织开始允许个人抓捕通缉的罪犯并换取奖金，“赏金猎人”这个职业也就由此诞生了。
史派克（Spike）和杰特（Jet）是驾驶飞船Bebop号在宇宙中以捉拿逃犯获取奖金为生的赏金猎人。两人在星际间的旅程中，结识了身负巨债、嗜财如命的美女菲（Faye）和电脑神童艾德（Ed），并收养了拥有高智商的数据狗爱因（Ein）。从此，四人一狗游荡在广阔之宇宙之中，在自己与他人的生活中经历著种种悲欢离合，也寻找著各自的过去。

古老帝国拉比达是一座漂浮在空中的巨大的机器岛，传说那里已经无人居住，蕴藏着巨大的财富。因此，无论军方还是海盗，都在找寻着这座传说中的飞行岛。
矿工帕克这天偶遇拉比达继承人希达，两人一见如故。因为希达身上有找寻拉比达帝国的重要物件飞行石，军方和海盗两帮人马都在追杀希达。帕克带着希达一起逃亡，最终都没有逃出军方的手中，希达被军队掳走了。
为救朋友，帕克只能选择与海盗合作。帕克与海盗成功救出了希达，同时，他们也发现了军方的邪恶计划。为了阻止军方邪恶计划的实施，他们和海盗一起踏上了寻找拉比达之旅。