U.C.105年，距第二次新吉翁战争结束已过去了12年。因地球联邦政府的腐败和地球环境污染的加速，在强制平民迁往宇宙的同时，也开始实施非人道的“人类狩猎”政策。
在这种局面下，反地球联邦政府运动组织“马夫蒂”在首领“马夫蒂·纳比尤·艾林”（其真实身份是联邦军内素有声望的一年战争的功臣联邦军上校布莱德·诺亚之子哈萨维·诺亚）的带领下，针对地球联邦高官展开了暗杀等一系列恐怖活动。
继承了阿姆罗·雷和夏亚·阿兹纳布尔二人思想和意志，在自己的道路上不断奋斗前行的战士哈萨维，却与联邦军上校凯奈斯·斯雷克和谜之少女琪琪·安达露西亚相遇了，而这也是改变他们命运开始……

Cherry是个不善与人交谈、一直戴着耳机的少年，他喜欢把无法说出口的心情寄托于俳句中。Smile是个为了把矫正中的大门牙挡起来而一直戴着口罩的少女，身为人气视频上传者的她，看到可爱的东西就会发布视频。这样的两个人在商场相遇了，交换了联系方式开始聊天。他们在一起打工的地方，遇见了一个叫藤山的老人，后来还得知了老人一直在寻找某张唱片的原因。他们决定一起寻找唱片，而两人之间的距离也越来越近。但当某件事情发生之后，两人的想法出现了分歧。

因突变而产生操作火焰的变种人“燃烧者”，让半个世界被大火烧成焦土，陷入前所未见的惨状。在那之后的30年，当中一群激进份子“疯狂燃烧者”再次对世界发动攻击。为了镇压他们引发的火灾，普罗米波利斯自治共和国司政官古雷，组织了针对“燃烧者”而设置的高机动救命消防队“烈焰救火队”。效命于“烈焰救火队”，并拥有灭火之魂的消防队新人加洛，碰上了被通缉中的纵火恐怖份子，“疯狂燃烧者”的首领里欧，两人发生了激烈的冲突，当两个炙热灵魂彼此冲撞，这场对决将走向什么结局？